1634年（崇禎七年）初，廣鹿島明守將尚可喜降后金。7月，金兵攻克保安，沿邊眾城堡失守。京師戒嚴(yán)。8月，李自成被官軍困于漢中府興安州車箱峽。適逢大雨，弓槍生銹，戰(zhàn)馬死亡過(guò)半。“自成大窘，乃自縛乞降”[42]，向五省總督陳奇瑜表示愿接受安撫。陳奇瑜請(qǐng)示并經(jīng)崇禎批準(zhǔn)后接受李自成的請(qǐng)求。特許李自成撤離至安全地帶，各給免死牌，供其糧草，對(duì)愿意返鄉(xiāng)的，要求地方政府沿途不得襲擊。在陳奇瑜的安排下，農(nóng)民軍各部成建制地安然走出天險(xiǎn)道，一路有士兵護(hù)送，供其酒飲，易馬而乘，抵足而眠，盔甲都換上了新的，補(bǔ)上丟失的弓箭[43]，農(nóng)民軍不僅脫離的全軍覆滅的險(xiǎn)境，而且還得到完全的休息。但李自成行至寶雞后遂而反約，殺遣送官參將柳國(guó)銘等50余人，各部農(nóng)民軍盡縛安撫官員，或殺頭、或割耳，或杖責(zé)，或縛而擲于道旁。隨后進(jìn)攻寶雞、麟游等七縣城[44]。崇禎無(wú)奈在遼東事起的情況下，急調(diào)河南官兵進(jìn)入潼、華，湖廣官兵進(jìn)入商、洛，四川官兵經(jīng)由興、漢，山西官兵出蒲州、韓城，合力圍剿農(nóng)民起義大軍。即使如此，崇禎也沒(méi)有完全放棄對(duì)農(nóng)民軍招撫的政策，要求各部“分別剿撫”[45]。由此可看出當(dāng)時(shí)崇禎——若比較三百年后同期的蔣介石在“皖南事變”[46]中對(duì)待中共的立場(chǎng)——與農(nóng)民義軍建立統(tǒng)一戰(zhàn)線的愿望是真誠(chéng)的。

11月，崇禎下令逮捕安撫失敗的陳奇瑜。主張力剿農(nóng)民軍的洪承疇總督山陜川湖河南軍務(wù)，仍兼三邊總督，令河南、湖廣、四川、山西兵馬入陜力剿農(nóng)民軍。農(nóng)民軍避實(shí)搗虛分兵突出陜西，一分為三：一路由陜西上平陽(yáng)、入山西；一路由武關(guān)向襄陽(yáng)，進(jìn)入湖廣；一路由盧氏東向進(jìn)入河南。以后其他二路也陸續(xù)由山西、湖廣進(jìn)入河南[47]。“數(shù)十萬(wàn)大軍會(huì)集于河南，其聲勢(shì)之大已非昔日澠池渡時(shí)可比了。”[48]崇禎不得不將山海關(guān)寧遠(yuǎn)一線的勁旅調(diào)到關(guān)內(nèi)，由此造成關(guān)外失守。

就在崇禎調(diào)洪承疇、盧向升大軍在中原堵截農(nóng)民軍的時(shí)候，1636年（崇禎九年）6月底，北方清軍突破長(zhǎng)城要塞喜峰口，迫使北京于7月3日宣布戒嚴(yán)。清兵鐵騎攻至皇陵所在地天壽山，進(jìn)抵昌平，其前鋒已達(dá)西山，明朝兵部急調(diào)山東總兵劉澤清、山西總兵王忠等入援京師；同時(shí)朝廷還得與農(nóng)民軍作戰(zhàn)。7月中旬，高迎祥軍被圍困于陜西周至黑水峪，高迎祥被俘殺。此事導(dǎo)致農(nóng)民軍紛紛向官軍投降，再次請(qǐng)求朝庭赦免。

1638年正月，張獻(xiàn)忠、劉國(guó)能等求撫。盡管楊嗣昌反對(duì)，崇禎仍堅(jiān)持“不可盡殺”，要求兵部尚書銜兼右副都御史熊文燦、監(jiān)軍劉元斌“剿撫并用”，這“事實(shí)上已默許熊文燦、劉元斌大膽招撫”[49]。崇禎的寬待使接受招撫的張獻(xiàn)忠仍能保持著自主性：張獻(xiàn)忠仍可以掌握著自己的軍隊(duì)，不接受整編，其駐地谷城（湖北襄陽(yáng)西）及羅汝才駐地房山、竹溪一帶反成了張羅二部的獨(dú)立王國(guó)，以至谷城知縣阮之鈿哀嘆無(wú)土可守，無(wú)民可牧，無(wú)賦可征。南京兵部尚書范景文更是極言：“獻(xiàn)忠之降難信”。崇禎為了抗清大局對(duì)這些置疑“一概置之不理”[50]。相反，為了說(shuō)服大臣們，崇禎于當(dāng)年5月初給大臣出了一道如何解決“剿兵難撤，敵虜生心”兩難問(wèn)題的策論，要求“卿等忠能體國(guó)，才足匡時(shí)，其悉心以對(duì)”[51]。

然而，就在李自成等農(nóng)民軍在在渭南潼關(guān)南原遭遇孫傳庭的埋伏后轉(zhuǎn)入陜南商洛山中陷于絕境時(shí)，皇太極率清兵于1638年9月分兩路迅速突破明軍長(zhǎng)城防線，大舉入關(guān)南下。1639年（崇禎十二年）正月攻陷濟(jì)南，3月，由青山口出長(zhǎng)城北歸。此次清軍深入2000余里，半年時(shí)間攻占70余城。崇禎不得不再次抽調(diào)大軍支援。張獻(xiàn)忠乘關(guān)內(nèi)防務(wù)空虛再次反叛并與李自成會(huì)合重新向朝廷發(fā)起攻擊；清人則在關(guān)外屯積重兵，準(zhǔn)備坐收漁利，黑白通吃。

1643年（崇禎十六年）李自成在襄陽(yáng)建立政權(quán)，自稱“奉天倡義文武大元帥”；同年9月，在河南汝州殲滅明陜西總督、七省督師孫傳庭的主力，10月，破潼關(guān)、孫傳庭陣亡，旋乘勝進(jìn)占西安。1644年正月，建立大順政權(quán)，定都長(zhǎng)安，年號(hào)永昌；同年3月18日，攻克北京，推翻明王朝。4月，多爾袞率八旗軍與明總兵吳三桂合兵，在山海關(guān)內(nèi)外擊敗李自成。6月，李自成渡黃河敗歸西安。1645年（順治二年）正月清軍破潼關(guān)，李自成經(jīng)襄陽(yáng)入湖北；3月底，進(jìn)入武昌，后被清軍擊敗棄城而逃；4月底，在距江西九江40里處被清軍攻入老營(yíng)，劉宗敏被俘殺害、宋獻(xiàn)策投降、牛金星不告而別，李自成逃至湖北通山縣，9月亡命于九宮山。就這樣，崇禎和李自成在拉鋸式的反復(fù)火并中最終雙雙倒在清人腳下。