四月上旬，蔣桂戰(zhàn)爭爆發(fā)，江西國民黨軍隊無暇顧及紅軍的行動。十一日，毛澤東在于都縣城主持召開紅四軍前委擴大會議，同意彭德懷率部回井岡山，恢復湘贛邊界根據(jù)地，決定紅四軍主力在贛南實行近距離分兵，發(fā)動群眾打土豪、分田地，發(fā)展地方武裝，建立紅色政權(quán)，鞏固并擴大贛南革命根據(jù)地。

會后，毛澤東率領(lǐng)第三縱隊到興國縣城，分兵發(fā)動群眾，并開展社會調(diào)查，指導建立興國革命委員會。他在興國的一項重要活動，是制定興國縣《土地法》，根據(jù)中共六大決議和實際情況，把井岡山《土地法》中“沒收一切土地”，改為“沒收一切公共土地及地主階級的土地”。這是一個正確的原則性的改動。還主辦一期土地革命干部訓練班，親自擔任主要課程的講授，以推動興國《土地法》的切實執(zhí)行。月底，他率第三縱隊同第一、第二縱隊會合。會合后，紅四軍攻克寧都縣城，取得殲敵五百余人、繳槍一百多支的勝利。

從四月中旬至五月中旬，贛南革命形勢發(fā)展很快，在于都、興國、寧都三縣建立起縣級革命政權(quán)，群眾初步發(fā)動起來，贛南的工農(nóng)武裝割據(jù)局面初步形成。

五月中旬，蔣桂戰(zhàn)爭結(jié)束，贛南方面的國民黨駐軍回防，對紅軍壓力加重。而在閩西方面，地方軍閥陳國輝旅主力卻因粵桂戰(zhàn)爭爆發(fā)，赴廣東參戰(zhàn)，兵力空虛。紅四軍前委決定，根據(jù)這一變化了的情況，避實就虛，再次入閩。這是紅四軍第二次入閩。閩西的革命形勢已有很大發(fā)展，當?shù)厝罕妼t四軍的了解也比他們第一次入閩時清楚多了。在閩西黨組織配合下，紅四軍于五月二十三日奔襲龍巖縣城，將守軍陳國輝部一個營全部殲滅。為了誘使陳國輝旅主力回援，紅四軍又主動撤出龍巖，在二十五日一舉攻占永定縣城，成立閩西第二個縣級革命政權(quán)——永定革命委員會，由張鼎丞任主席。六月三日，再占龍巖，成立龍巖縣革命委員會，由中共閩西特委書記鄧子恢任主席。

轉(zhuǎn)戰(zhàn)贛南閩西的過程中，紅軍的環(huán)境相當艱苦。部隊中，包括領(lǐng)導層中，對有些問題的認識出現(xiàn)了分歧。這時，剛從蘇聯(lián)回國的劉安恭，由中共中央派到紅四軍工作，擔任臨時軍委書記兼軍政治部主任，對毛澤東從實際出發(fā)的一些正確主張任意指責。這就促發(fā)了紅四軍黨內(nèi)關(guān)于建軍原則的一場爭論。

五月底，毛澤東在福建永定縣湖雷主持召開中共紅四軍前委會議。會上，就黨對軍隊領(lǐng)導的問題發(fā)生爭論。爭論的焦點是紅四軍內(nèi)是否仍要設立軍委。一種意見認為，“既名四軍，就要有軍委”，指責前委“管的太多”，“權(quán)力太集中”，是“書記專政”，有“家長制”。一種意見認為，當前前委的領(lǐng)導工作重心仍在軍隊，“軍隊指揮需要集中而敏捷”，由于戰(zhàn)斗頻繁和部隊經(jīng)常轉(zhuǎn)移，由前委直接領(lǐng)導和指揮更有利于作戰(zhàn)，不必設立重疊的機構(gòu)，并批評在前委之下、縱委之上硬要成立軍委實際上是“分權(quán)主義”。爭論中意見未能統(tǒng)一，前委書記難以繼續(xù)工作。六月八日，毛澤東在上杭縣白砂召開的紅四軍前委擴大會議上一度以書面提出辭職。會議以壓倒多數(shù)票通過取消臨時軍委的決定，劉安恭的臨時軍委書記自然免除。但爭論的根本問題仍未解決，少數(shù)人還把黨內(nèi)分歧意見散布到一般指戰(zhàn)員中去，情況日趨嚴重。會后，第一縱隊司令員林彪給毛澤東寫信，請江華轉(zhuǎn)交。江華后來回憶說：“當天夜里，林彪給毛澤東同志送來一封急信，主要是表示不贊成毛澤東同志離開前委，希望他有決心糾正黨內(nèi)的錯誤思想。”

毛澤東根據(jù)前委“各作一篇文章，表明他們自己的意見”的要求，于六月十四日給林彪寫了回信，并送交前委。復信從歷史和環(huán)境兩方面考察紅四軍黨內(nèi)存在的問題和爭論的原因，歸納為“個人領(lǐng)導與黨的領(lǐng)導”、“軍事觀點與政治觀點”、“流寇思想與反流寇思想”、“形式主義與需要主義”、“分權(quán)主義與集權(quán)”等十四個問題。指出紅四軍還沒有能建立起黨的絕對領(lǐng)導的原因是：第一，紅四軍的大部分是從舊式軍隊脫胎出來的，便帶來了一切舊思想、舊習慣、舊制度；第二，這支部隊是從失敗環(huán)境中拖出來結(jié)集的，原來黨的組織很薄弱，因此造成了個人龐大的領(lǐng)導權(quán)；第三，一種形式主義的理論從遠方到來。復信批評了不要建立鞏固的根據(jù)地的流寇思想，指出：流寇思想歷來在紅軍中是很厲害的。流寇思想產(chǎn)生于四軍中的游民成分，黨與這種思想曾經(jīng)作過許多的斗爭，但它的尾巴至今還存在，這種思想影響到城市政策與紅軍軍紀。復信還指出：紅四軍中向來有些同志偏于軍事觀點，同站在政治觀點即群眾觀點上的人的意見不合。復信指出：“四軍黨內(nèi)顯然有一種建立于農(nóng)民、游民、小資產(chǎn)階級之上的不正確的思想，這種思想是不利于黨的團結(jié)和革命的前途的，是有離開無產(chǎn)階級革命立場的危險”，必須“克服這種思想，以求紅軍徹底改造”。這封信，是總結(jié)中國共產(chǎn)黨領(lǐng)導的人民軍隊建設經(jīng)驗的重要文獻，系統(tǒng)地提出了黨對紅軍的絕對領(lǐng)導和紅軍建設的一系列根本原則，為半年后起草古田會議決議打下了初步基礎(chǔ)。

六月二十二日，中共紅四軍第七次代表大會在龍巖城內(nèi)召開。毛澤東在會前曾向前委提出建議：通過總結(jié)過去斗爭經(jīng)驗的辦法達到統(tǒng)一認識，解決紅軍建設中存在的主要問題，以提高紅軍的政治素質(zhì)和戰(zhàn)斗力。這個建議沒有被采納。紅四軍七大由陳毅主持，號召“大家努力來爭論”。代表們圍繞從井岡山斗爭以來的各方面問題進行討論。會議所作的決議對許多具體問題的結(jié)論是正確的或比較正確的，但錯誤地否定了毛澤東提出的黨對紅軍領(lǐng)導必須實行集權(quán)制（當時對民主集中制的稱謂）和必須反對不要根據(jù)地的流寇思想的正確意見。通過的決議說：“流寇思想與反流寇思想的斗爭，也不是事實”，還把“集權(quán)制領(lǐng)導原則”視為“形成家長制度的傾向”。會議認為，毛澤東是前委書記，對爭論應多負些責任，給予黨內(nèi)“嚴重警告”處分。大會改選了紅四軍黨的前敵委員會，在選舉前委書記時，由中共中央指定的前委書記毛澤東沒有當選，陳毅被選為前委書記。毛澤東在會上最后發(fā)言說：現(xiàn)在還是要根據(jù)我們歷來的實際斗爭中間的經(jīng)驗，加強這個政治領(lǐng)導，加強黨對紅軍的領(lǐng)導，軍隊要做群眾工作，要打仗，要籌款；至于會議對我個人有許多批評，我現(xiàn)在不辯，如果對我有好處，我會考慮，不正確的，將來自然會證明他這個不正確。[9]會后，毛澤東被迫離開紅四軍的主要領(lǐng)導崗位，到閩西特委指導地方工作。

七月上旬，毛澤東以紅四軍前委特派員身分到閩西指導地方工作。那時，閩西特委正準備在上杭縣蛟洋召開中共閩西第一次代表大會。毛澤東到蛟洋后，發(fā)現(xiàn)黨代會的準備工作還不夠充分，提議會議推遲一周召開，由代表先在本地區(qū)進行調(diào)查。他自己也參加調(diào)查，并為大會制定切合實際情況的方針政策作準備。二十日至二十九日，代表大會舉行。毛澤東在會上作政治報告，指出閩西黨的任務是鞏固和發(fā)展革命根據(jù)地，同贛南紅色區(qū)域連成一片，建立中心工作區(qū)域。并且論述了實現(xiàn)這個任務的三項基本方針：深入土地革命；徹底消滅民團土匪，發(fā)展工農(nóng)武裝，有陣地波浪式地向外發(fā)展；發(fā)展黨的組織，建立政權(quán)，肅清反革命。

在毛澤東指導下，大會總結(jié)閩西土地斗爭經(jīng)驗，通過《土地問題決議案》。這個決議比井岡山和興國《土地法》又有新的發(fā)展：對大小地主加以區(qū)別對待，對地主也“酌量分與土地”；對富農(nóng)土地只沒收“自食以外的多余部分”，“不過分打擊”；對中農(nóng)“不要予以任何的損失”；“對大小商店采取一般的保護政策”；在土地分配上，以鄉(xiāng)為單位，在原耕基礎(chǔ)上“抽多補少”，“按人口平均分配”。會后，閩西在六百多個鄉(xiāng)進行土地改革，約八十多萬貧苦農(nóng)民分得了土地。

會議后期，毛澤東因瘧疾病倒了，由上杭蛟洋轉(zhuǎn)移到蘇家坡。以后，又到永定縣金豐山區(qū)養(yǎng)病。在這期間，紅四軍打破了閩粵贛三省國民黨軍隊對閩西根據(jù)地的第一次“會剿”。