四月上旬，蔣桂戰(zhàn)爭爆發(fā)，江西國民黨軍隊(duì)無暇顧及紅軍的行動(dòng)。十一日，毛澤東在于都縣城主持召開紅四軍前委擴(kuò)大會(huì)議，同意彭德懷率部回井岡山，恢復(fù)湘贛邊界根據(jù)地，決定紅四軍主力在贛南實(shí)行近距離分兵，發(fā)動(dòng)群眾打土豪、分田地，發(fā)展地方武裝，建立紅色政權(quán)，鞏固并擴(kuò)大贛南革命根據(jù)地。

會(huì)后，毛澤東率領(lǐng)第三縱隊(duì)到興國縣城，分兵發(fā)動(dòng)群眾，并開展社會(huì)調(diào)查，指導(dǎo)建立興國革命委員會(huì)。他在興國的一項(xiàng)重要活動(dòng)，是制定興國縣《土地法》，根據(jù)中共六大決議和實(shí)際情況，把井岡山《土地法》中“沒收一切土地”，改為“沒收一切公共土地及地主階級(jí)的土地”。這是一個(gè)正確的原則性的改動(dòng)。還主辦一期土地革命干部訓(xùn)練班，親自擔(dān)任主要課程的講授，以推動(dòng)興國《土地法》的切實(shí)執(zhí)行。月底，他率第三縱隊(duì)同第一、第二縱隊(duì)會(huì)合。會(huì)合后，紅四軍攻克寧都縣城，取得殲敵五百余人、繳槍一百多支的勝利。

從四月中旬至五月中旬，贛南革命形勢發(fā)展很快，在于都、興國、寧都三縣建立起縣級(jí)革命政權(quán)，群眾初步發(fā)動(dòng)起來，贛南的工農(nóng)武裝割據(jù)局面初步形成。

五月中旬，蔣桂戰(zhàn)爭結(jié)束，贛南方面的國民黨駐軍回防，對(duì)紅軍壓力加重。而在閩西方面，地方軍閥陳國輝旅主力卻因粵桂戰(zhàn)爭爆發(fā)，赴廣東參戰(zhàn)，兵力空虛。紅四軍前委決定，根據(jù)這一變化了的情況，避實(shí)就虛，再次入閩。這是紅四軍第二次入閩。閩西的革命形勢已有很大發(fā)展，當(dāng)?shù)厝罕妼?duì)紅四軍的了解也比他們第一次入閩時(shí)清楚多了。在閩西黨組織配合下，紅四軍于五月二十三日奔襲龍巖縣城，將守軍陳國輝部一個(gè)營全部殲滅。為了誘使陳國輝旅主力回援，紅四軍又主動(dòng)撤出龍巖，在二十五日一舉攻占永定縣城，成立閩西第二個(gè)縣級(jí)革命政權(quán)——永定革命委員會(huì)，由張鼎丞任主席。六月三日，再占龍巖，成立龍巖縣革命委員會(huì)，由中共閩西特委書記鄧子恢任主席。

轉(zhuǎn)戰(zhàn)贛南閩西的過程中，紅軍的環(huán)境相當(dāng)艱苦。部隊(duì)中，包括領(lǐng)導(dǎo)層中，對(duì)有些問題的認(rèn)識(shí)出現(xiàn)了分歧。這時(shí)，剛從蘇聯(lián)回國的劉安恭，由中共中央派到紅四軍工作，擔(dān)任臨時(shí)軍委書記兼軍政治部主任，對(duì)毛澤東從實(shí)際出發(fā)的一些正確主張任意指責(zé)。這就促發(fā)了紅四軍黨內(nèi)關(guān)于建軍原則的一場爭論。

五月底，毛澤東在福建永定縣湖雷主持召開中共紅四軍前委會(huì)議。會(huì)上，就黨對(duì)軍隊(duì)領(lǐng)導(dǎo)的問題發(fā)生爭論。爭論的焦點(diǎn)是紅四軍內(nèi)是否仍要設(shè)立軍委。一種意見認(rèn)為，“既名四軍，就要有軍委”，指責(zé)前委“管的太多”，“權(quán)力太集中”，是“書記專政”，有“家長制”。一種意見認(rèn)為，當(dāng)前前委的領(lǐng)導(dǎo)工作重心仍在軍隊(duì)，“軍隊(duì)指揮需要集中而敏捷”，由于戰(zhàn)斗頻繁和部隊(duì)經(jīng)常轉(zhuǎn)移，由前委直接領(lǐng)導(dǎo)和指揮更有利于作戰(zhàn)，不必設(shè)立重疊的機(jī)構(gòu)，并批評(píng)在前委之下、縱委之上硬要成立軍委實(shí)際上是“分權(quán)主義”。爭論中意見未能統(tǒng)一，前委書記難以繼續(xù)工作。六月八日，毛澤東在上杭縣白砂召開的紅四軍前委擴(kuò)大會(huì)議上一度以書面提出辭職。會(huì)議以壓倒多數(shù)票通過取消臨時(shí)軍委的決定，劉安恭的臨時(shí)軍委書記自然免除。但爭論的根本問題仍未解決，少數(shù)人還把黨內(nèi)分歧意見散布到一般指戰(zhàn)員中去，情況日趨嚴(yán)重。會(huì)后，第一縱隊(duì)司令員林彪給毛澤東寫信，請(qǐng)江華轉(zhuǎn)交。江華后來回憶說：“當(dāng)天夜里，林彪給毛澤東同志送來一封急信，主要是表示不贊成毛澤東同志離開前委，希望他有決心糾正黨內(nèi)的錯(cuò)誤思想。”

毛澤東根據(jù)前委“各作一篇文章，表明他們自己的意見”的要求，于六月十四日給林彪寫了回信，并送交前委。復(fù)信從歷史和環(huán)境兩方面考察紅四軍黨內(nèi)存在的問題和爭論的原因，歸納為“個(gè)人領(lǐng)導(dǎo)與黨的領(lǐng)導(dǎo)”、“軍事觀點(diǎn)與政治觀點(diǎn)”、“流寇思想與反流寇思想”、“形式主義與需要主義”、“分權(quán)主義與集權(quán)”等十四個(gè)問題。指出紅四軍還沒有能建立起黨的絕對(duì)領(lǐng)導(dǎo)的原因是：第一，紅四軍的大部分是從舊式軍隊(duì)脫胎出來的，便帶來了一切舊思想、舊習(xí)慣、舊制度；第二，這支部隊(duì)是從失敗環(huán)境中拖出來結(jié)集的，原來黨的組織很薄弱，因此造成了個(gè)人龐大的領(lǐng)導(dǎo)權(quán)；第三，一種形式主義的理論從遠(yuǎn)方到來。復(fù)信批評(píng)了不要建立鞏固的根據(jù)地的流寇思想，指出：流寇思想歷來在紅軍中是很厲害的。流寇思想產(chǎn)生于四軍中的游民成分，黨與這種思想曾經(jīng)作過許多的斗爭，但它的尾巴至今還存在，這種思想影響到城市政策與紅軍軍紀(jì)。復(fù)信還指出：紅四軍中向來有些同志偏于軍事觀點(diǎn)，同站在政治觀點(diǎn)即群眾觀點(diǎn)上的人的意見不合。復(fù)信指出：“四軍黨內(nèi)顯然有一種建立于農(nóng)民、游民、小資產(chǎn)階級(jí)之上的不正確的思想，這種思想是不利于黨的團(tuán)結(jié)和革命的前途的，是有離開無產(chǎn)階級(jí)革命立場的危險(xiǎn)”，必須“克服這種思想，以求紅軍徹底改造”。這封信，是總結(jié)中國共產(chǎn)黨領(lǐng)導(dǎo)的人民軍隊(duì)建設(shè)經(jīng)驗(yàn)的重要文獻(xiàn)，系統(tǒng)地提出了黨對(duì)紅軍的絕對(duì)領(lǐng)導(dǎo)和紅軍建設(shè)的一系列根本原則，為半年后起草古田會(huì)議決議打下了初步基礎(chǔ)。

六月二十二日，中共紅四軍第七次代表大會(huì)在龍巖城內(nèi)召開。毛澤東在會(huì)前曾向前委提出建議：通過總結(jié)過去斗爭經(jīng)驗(yàn)的辦法達(dá)到統(tǒng)一認(rèn)識(shí)，解決紅軍建設(shè)中存在的主要問題，以提高紅軍的政治素質(zhì)和戰(zhàn)斗力。這個(gè)建議沒有被采納。紅四軍七大由陳毅主持，號(hào)召“大家努力來爭論”。代表們圍繞從井岡山斗爭以來的各方面問題進(jìn)行討論。會(huì)議所作的決議對(duì)許多具體問題的結(jié)論是正確的或比較正確的，但錯(cuò)誤地否定了毛澤東提出的黨對(duì)紅軍領(lǐng)導(dǎo)必須實(shí)行集權(quán)制（當(dāng)時(shí)對(duì)民主集中制的稱謂）和必須反對(duì)不要根據(jù)地的流寇思想的正確意見。通過的決議說：“流寇思想與反流寇思想的斗爭，也不是事實(shí)”，還把“集權(quán)制領(lǐng)導(dǎo)原則”視為“形成家長制度的傾向”。會(huì)議認(rèn)為，毛澤東是前委書記，對(duì)爭論應(yīng)多負(fù)些責(zé)任，給予黨內(nèi)“嚴(yán)重警告”處分。大會(huì)改選了紅四軍黨的前敵委員會(huì)，在選舉前委書記時(shí)，由中共中央指定的前委書記毛澤東沒有當(dāng)選，陳毅被選為前委書記。毛澤東在會(huì)上最后發(fā)言說：現(xiàn)在還是要根據(jù)我們歷來的實(shí)際斗爭中間的經(jīng)驗(yàn)，加強(qiáng)這個(gè)政治領(lǐng)導(dǎo)，加強(qiáng)黨對(duì)紅軍的領(lǐng)導(dǎo)，軍隊(duì)要做群眾工作，要打仗，要籌款；至于會(huì)議對(duì)我個(gè)人有許多批評(píng)，我現(xiàn)在不辯，如果對(duì)我有好處，我會(huì)考慮，不正確的，將來自然會(huì)證明他這個(gè)不正確。[9]會(huì)后，毛澤東被迫離開紅四軍的主要領(lǐng)導(dǎo)崗位，到閩西特委指導(dǎo)地方工作。

七月上旬，毛澤東以紅四軍前委特派員身分到閩西指導(dǎo)地方工作。那時(shí)，閩西特委正準(zhǔn)備在上杭縣蛟洋召開中共閩西第一次代表大會(huì)。毛澤東到蛟洋后，發(fā)現(xiàn)黨代會(huì)的準(zhǔn)備工作還不夠充分，提議會(huì)議推遲一周召開，由代表先在本地區(qū)進(jìn)行調(diào)查。他自己也參加調(diào)查，并為大會(huì)制定切合實(shí)際情況的方針政策作準(zhǔn)備。二十日至二十九日，代表大會(huì)舉行。毛澤東在會(huì)上作政治報(bào)告，指出閩西黨的任務(wù)是鞏固和發(fā)展革命根據(jù)地，同贛南紅色區(qū)域連成一片，建立中心工作區(qū)域。并且論述了實(shí)現(xiàn)這個(gè)任務(wù)的三項(xiàng)基本方針：深入土地革命；徹底消滅民團(tuán)土匪，發(fā)展工農(nóng)武裝，有陣地波浪式地向外發(fā)展；發(fā)展黨的組織，建立政權(quán)，肅清反革命。

在毛澤東指導(dǎo)下，大會(huì)總結(jié)閩西土地斗爭經(jīng)驗(yàn)，通過《土地問題決議案》。這個(gè)決議比井岡山和興國《土地法》又有新的發(fā)展：對(duì)大小地主加以區(qū)別對(duì)待，對(duì)地主也“酌量分與土地”；對(duì)富農(nóng)土地只沒收“自食以外的多余部分”，“不過分打擊”；對(duì)中農(nóng)“不要予以任何的損失”；“對(duì)大小商店采取一般的保護(hù)政策”；在土地分配上，以鄉(xiāng)為單位，在原耕基礎(chǔ)上“抽多補(bǔ)少”，“按人口平均分配”。會(huì)后，閩西在六百多個(gè)鄉(xiāng)進(jìn)行土地改革，約八十多萬貧苦農(nóng)民分得了土地。

會(huì)議后期，毛澤東因瘧疾病倒了，由上杭蛟洋轉(zhuǎn)移到蘇家坡。以后，又到永定縣金豐山區(qū)養(yǎng)病。在這期間，紅四軍打破了閩粵贛三省國民黨軍隊(duì)對(duì)閩西根據(jù)地的第一次“會(huì)剿”。