中央代表團(tuán)抵達(dá)中央蘇區(qū)后，一開始與毛澤東還相安無事，毛澤東還一度（這年10月）取代項英代理中共蘇區(qū)中央局書記，但不久雙方便產(chǎn)生了嚴(yán)重分歧。

1931年11月1日至5日，在中央代表團(tuán)主持下，中央蘇區(qū)黨組織在瑞金葉坪召開第一次代表大會，即史上有名的贛南會議。會議就根據(jù)地、土地革命路線和軍事等問題展開了爭論。毛澤東堅持認(rèn)為，中央革命根據(jù)地從實踐中形成的一整套路線和方針是正確的，是符合根據(jù)地實際情況的。〔中共中央文獻(xiàn)研究室《毛澤東傳（1893-1949）》，中央文獻(xiàn)出版社1996年版〕但是，中央代表團(tuán)卻根據(jù)中共中央8月30日來信，強調(diào)中央蘇區(qū)還存在許多嚴(yán)重的錯誤和缺點，其表現(xiàn)就是“缺乏明確的階級路線與充分的群眾工作”。

這次會議還根據(jù)中共臨時中央的指示，設(shè)立了中華蘇維埃共和國中央革命軍事委員會，取消紅一方面軍總司令和總政委、總前委書記的名義，毛澤東所擔(dān)任的總政委、總前委書記之職自然被免除。11月25日，中央革命軍事委員會（簡稱中革軍委）正式成立，朱德為主席，王稼祥、彭德懷為副主席，毛澤東僅為十五人組成的委員之一，只能以中華蘇維埃共和國臨時中央政府主席身份隨一方面軍總部行動?？梢哉f贛南會議是毛澤東在中央蘇區(qū)受排擠、打擊的開始。

1932年4月4日，中共臨時中央政治局常委洛甫（即張聞天），在中共中央機關(guān)報《紅旗周報》發(fā)表題為《在爭取中國革命在一省與數(shù)省的首先勝利中中國共產(chǎn)黨內(nèi)機會主義的動搖》的長文，強調(diào)中國地主資產(chǎn)階級的統(tǒng)治日益走向崩潰，使中國的革命危機更加成熟，但“黨內(nèi)一部分最不堅定的同志”，則對于目前革命形勢估計不足，“對于黨所提出的許多中心任務(wù)發(fā)生機會主義的動搖”。（中央檔案館《中共中央文件選集》第八冊，中共中央黨校出版社1991年版）文章具體列舉了各種所謂機會主義的表現(xiàn)，并且指責(zé)“中央蘇區(qū)的同志”“表現(xiàn)出了濃厚的等待主義，等待敵人的進(jìn)攻，等待新的勝利。他們始終沒有能夠利用客觀上的順利環(huán)境去采取積極進(jìn)攻的策略。他們把'鞏固蘇區(qū)根據(jù)地'當(dāng)作符咒一樣的去念，把消滅'土圍子'當(dāng)作了鞏固根據(jù)地的中心工作，以等待敵人的新的進(jìn)攻，新的'堅壁清野'，新'誘敵深入'與新的勝利”。“在分配土地上，中央蘇區(qū)過去提出'分配一切土地給一切人'的觀念，不用說是十足機會主義的觀點”。不難看出，這里所說的“中央蘇區(qū)的同志”，其實指的就是毛澤東。

更為嚴(yán)重的是，1932年10月，中共蘇區(qū)中央局在寧都的小源村召開全體會議，“批評了澤東同志過去向贛東發(fā)展路線與不尊重黨領(lǐng)導(dǎo)機關(guān)與組織觀念的錯誤，批評到前方同志對革命勝利估計不足，特別指示（出）澤東同志等待觀念的錯誤，批評總政治部對有政治問題的人采取了組織上自由主義與組織觀念的錯誤，開展了中央局從未有過的反傾向的斗爭”。會議“最后批準(zhǔn)毛同志暫時請病假，必要時到前方”。寧都會議結(jié)束后，留在寧都的中央局成員繼續(xù)開會，研究毛澤東的去留問題，最后作出決定：毛澤東回后方主持臨時中央政府工作，紅一方面軍總政委（1932年8月8日，中革軍委任命毛澤東擔(dān)任此職）由周恩來代理。自此，毛澤東失去了對紅軍的指揮權(quán)，實際已處于“靠邊站”的境地。

寧都會議之后，毛澤東到長汀休養(yǎng)，但他在中央蘇區(qū)仍有較高的威望，中共臨時中央認(rèn)為他仍是貫徹“正確路線”的障礙。1933年2月，博古為首的中共臨時中央剛進(jìn)入中央蘇區(qū)，就開展了所謂反“羅明路線”的斗爭，其用意無疑是希望通過此舉肅清毛澤東的影響。

1934年1月，中共六屆五中全會在瑞金召開。會前，博古本想把毛澤東的中華蘇維埃共和國臨時中央政府人民委員會主席（政府總理）和中共中央政治局候補委員兩個職務(wù)一并取消，但由于早在中共臨時中央進(jìn)入中央蘇區(qū)之前，共產(chǎn)國際駐中國代表提出的中共中央政治局十三名委員的名單中，已將毛澤東列為第十號，所以這次會議毛澤東雖然沒有參加，但還是補選為政治局委員。然而，在這年1月下旬召開的第二次全國蘇維埃代表大會（簡稱二蘇大）上，毛澤東雖繼續(xù)保留臨時中央政府中央執(zhí)行委員會主席的虛位，但他的人民委員會主席職務(wù)被張聞天取代。這就使得毛澤東不但在黨和軍隊中失去了發(fā)言權(quán)，就是政府中的那一點發(fā)言權(quán)，也被博古等人給剝奪了，“實際上毛澤東已被架空了”。（李維漢《回憶與思考》上，中共黨史資料出版社1986年版）

毛澤東原本對黨內(nèi)存在的“本本主義”就相當(dāng)厭惡。中央蘇區(qū)幾起幾落的人生經(jīng)歷，使毛澤東對教條主義尤為反感。1941年5月19日，毛澤東在延安高級干部會議上作《改造我們的學(xué)習(xí)》報告，曾給教條主義者畫像，說他們是“墻上蘆葦，頭重腳輕根底淺；山間竹筍，嘴尖皮厚腹中空”，并且說：“對于沒有科學(xué)態(tài)度的人，對于只知背誦教條的人，對于向馬列主義開玩笑的人，你們看，像不像？如果有人真正想診治自己的毛病的話，我勸他把這副對子記下來；或者再勇敢一點，把它貼在自己房子里的墻壁上。”