利瑪竇在公元1602年繪制的《山海輿地全圖》是一幅彩圖，據(jù)說在當時流傳很廣，但現(xiàn)在我們無法親見。有幸的是，它的母本保存在了明朝馮應京所編纂的《月令廣義》中。所以，現(xiàn)在在《月令廣義》中還可以看到利瑪竇的這幅圓形的世界地圖。

公元1601年，利瑪竇到達北京的時候，曾經(jīng)給萬歷皇帝獻上了許多物產(chǎn)，其中就包括一本《萬國圖治》。利瑪竇希望以此來贏得萬歷皇帝的好感，并且讓明廷了解世界的面貌，改變中國人對世界的認識。

他在北京期間，于公元1602年繪出了六條幅的《坤輿萬國全圖》，這是利瑪竇繪制的中文世界地圖中最有名的一幅。這幅圖的主圖是一個橢圓形的世界地圖，并且附有小幅的天文圖和地理圖，在有關地名還加了一些說明，在文字部分還介紹了世界各地不同的自然地理、物產(chǎn)資源、風俗人情、文化習慣等。

利瑪竇的《坤輿萬國全圖》并不是對奧特里烏斯《地球大觀》的照搬照抄，而是結合了中西最先進的地理研究成果，堪稱當時世界上最為精確的一幅世界地圖。這幅地圖是以中國地圖為中心的，由于當時澳大利亞還未被發(fā)現(xiàn)，所以這幅圖向中國人介紹了世界上的五大洲：亞細亞、歐羅巴、利未亞（現(xiàn)在的非洲）、南北亞墨利加（現(xiàn)在的南北美洲）、墨瓦臘泥加（南極洲）等。還有四大洋：大西洋、大東洋（現(xiàn)在的太平洋）、小西洋（印度洋）、冰海（北冰洋），并且附注了地理志譯，為中國人介紹了近代西方地理學說和概念。

在公元1608年，利瑪竇的《坤輿萬國全圖》由明朝宮廷的內(nèi)監(jiān)摹繪了12份彩圖，現(xiàn)在有一份由南京博物院收藏，也成為南京博物院的鎮(zhèn)館之寶?！秶覍毑亍返谝患纠锼浿频哪暇┎┪镌旱膸讉€國寶之一，其中就包括利瑪竇《坤輿萬國全圖》的這份母本。

這份母本與之前有所不同的是，它增加了一些彩繪圖案，包括各大洋，各種帆船9艘，鯨魚、鯊魚、海獅等海生動物15頭。南極大陸上繪有陸上動物，包括犀牛、大象、獅子、鴕鳥等8種。所以整幅地圖看起來非常地精美，堪稱國寶。

利瑪竇在公元1583年—公元1588年間，與羅明堅還合作編寫了一部辭書《葡漢辭典》。這本辭典首開以拉丁字母標注漢字讀音的先河，成為漢字拉丁字母拼音方案的鼻祖。這本辭典有點類似葡萄牙語和漢語對照的詞匯表，每一頁的編排基本分成三欄：葡萄牙語的詞條、拉丁字母的注音和漢語的詞條。葡語是按照字母排列，包括有單詞、短語，甚至還有短句，一共6000多個。漢語的詞條有5461個，大約有540多個葡語詞條沒有漢語的對應詞。

由于這部辭典是利瑪竇學習漢語所用，里面收錄了大量的口語詞匯。對于現(xiàn)在研究明末口語的白化具有極其珍貴的語言學價值。目前，已經(jīng)有很多的語言學家通過對這部辭典手稿的研究，考證出當時的官話是以南京官話為正音的。

利瑪竇來華后發(fā)現(xiàn)，他們最初所模仿的僧人打扮有一些問題。因為在當時僧人的社會地位并不高，反而是通過科舉走上仕途的儒生受到人們的尊敬。這時候利瑪竇的思想發(fā)生了重要轉變，他從原來的僧人打扮開始正式的留須、留發(fā)、戴儒冠、著童身服，見客時以秀才禮。“合儒易佛”的路線確立之后，結交中國傳統(tǒng)的士大夫就成為了以利瑪竇為代表的耶穌會士的首要任務之一。

其中與利瑪竇交好有徐光啟、李之藻等儒家學者。比如，利瑪竇和徐光啟合譯了歐幾里得的《幾何原本》，與李之藻合譯了《渾蓋通憲圖說》《同文算指》等。這些譯著的問世，開創(chuàng)了西方數(shù)學傳入中國的先河，對晚明數(shù)學的發(fā)展做出了巨大的貢獻。