元初,元廷在今保山設永昌三千戶，隸大理上萬戶。公元1286年，元廷又設“大理金齒等處宣撫司”，治所在大理路（治今云南省大理市）后來遷到永昌府（今保山市），地控云南進入緬甸主要通道，在戰(zhàn)略上有著重要的戰(zhàn)略意義。這使金齒地區(qū)在此元明兩代的西南治理中有著特殊的地位。為加化其軍事功能，不久“大理金齒等處宣撫司”升格為“大理金齒等處宣慰司都元帥府”,隸屬云南等處行中書省，管轄今云南德宏州和臨滄地區(qū)西部一帶地區(qū)及緬甸北部地區(qū)。

元朝的云南行省功能，隨1274年南宋降元，開始由邊疆防御轉為邊疆擴張。蒲甘王朝即將面臨滅頂之災?！对贰肪矶僖皇读袀?middot;外夷（三）·緬》載：

緬國為西南夷，不知何種。其地有接大理及去成都不遠者，又不知其方幾里也。其人有城郭屋廬以居，有象馬以乘，舟筏以濟。其文字進上者，用金葉寫之，次用紙，又次用檳榔葉，蓋騰譯而后通也。

明代中國人對緬甸的認識就比元代進一步明晰。《明史》卷三百十五《列傳·云南土司（三）·緬甸》載：

緬甸，古朱波地。宋寧宗時，緬甸、波斯等國進白象，緬甸通中國自此始。地在云南西南，最窮遠。有城郭廬舍，多樓居。元至元中，屢討之，乃入貢。

元初，緬國蒲甘王朝（公元894~1369年）已很有聲勢。緬王聯合建昌金齒諸部與元朝對立。1271年（元至元八年），忽必烈建立元朝，1273年（元至元十年），元廷遣使招緬王入朝，無果。1277年（元至元十四年），緬軍犯云南邊境，雙方發(fā)生沖突。元軍用草原合圍群狼的“合圍把稍”的戰(zhàn)術徹底解決金齒地區(qū)的抵抗。據《元史·也罕的斤傳》：

元二十一年，（也罕的斤）與右丞相太卜、諸王相五答兒分道征緬，造舟于阿昔、阿禾兩江，得二百艘，進攻江頭城，拔之，獲其銳卒萬人，命都元帥袁世安守之。

先是，既破江頭城，遣黑的兒、楊林等諭緬使降，不報，而諸叛蠻據建都太公城以拒大軍，復遣僧諭以禍福，反為所害，遂督其軍水陸并進，擊破之，建都、金齒等十二城皆降，命都元帥合帶、萬戶不都蠻等以兵五千戍之。

1279年（至元十九年），元滅南宋，1284年（至元二十一年），元兵自云南地區(qū)進攻蒲甘國，元軍西出打到伊洛瓦底河邊，攻占太公城和江頭城。次年建都金齒等西南十二部向元軍投降。“元朝軍隊占領太公城，恢復了大理國后期被緬甸蒲甘王朝控制的一片疆土，于太公城設太公路，后又于今緬甸撣邦北部的瑞麗江上下周圍地帶設蒙憐路和蒙萊路”。1287年（元至元二十四年），“云南王與諸王進征，至蒲甘，喪師七千余，緬始平，乃定歲貢方物。”緬國與元朝建立朝貢關系。1297年，元成宗正式“詔封的立普哇拿阿迪提牙為緬王”，緬國成為元朝藩屬。1301年（大德四年），緬王被其弟所殺，“蠻賊與八百媳婦國通，其勢張甚。”元軍南征八百，置八百等處宣慰司都元帥府。至此，元邊疆南擴至今緬甸的南撣邦及泰國北部的清邁一帶。

至此，蒲甘王朝權力及其治域轉入元朝，蒲甘王朝亡。南詔、大理之后，云南地方與朝廷中央嚴重分離的局面告以結束。