15日，張治中、王世杰復信林伯渠，說已將中共十二條轉(zhuǎn)呈國民黨中央，但解決辦法，仍只能按“提示案”辦理，不能變更。這一來，談判遂成僵局。

同年9月5日，國民參政會三屆三次會議在重慶召開，中共參政員林伯渠、董必武出席了這次會議。15日，林伯渠就這次國共談判問題作了詳細發(fā)言。他在談到談判的重要分歧時指出，中共所領(lǐng)導的在敵后作戰(zhàn)的正規(guī)軍有47萬余人，應全部編成47個師才是合理，而在西安談判時，我只提出請國民政府暫編6個軍18個師，而國民政府只答應給4個軍10個師，并要“限期集中”，而編余的則要“限期取消”；我方要求承認敵后抗日民主政權(quán)，而國民政府卻要“取消”解放區(qū)；我方要求我黨和各黨派有公開合法的地位，人民有言論、集會、結(jié)社及人身自由，釋放葉挺、廖承志及其他政治犯，但都未能做到。

林伯渠在參政會上最后指出：“我坦白地提出希望國民黨立即結(jié)束一黨統(tǒng)治的局面，由國民政府召集各黨各派、各抗日軍隊、各地方政府、各人民團體的代表，開國事會議，組織各抗日黨派聯(lián)合政府，一新天下耳目，振奮全國人心，鼓勵前方士氣，以加強全國團結(jié)，集中全國人材，集中全國力量，這樣一定能夠配合盟軍反攻，將日寇打垮。”

林伯渠代表我黨提出的結(jié)束一黨專政，建立民主聯(lián)合政府的主張，反映了廣大人民群眾的良好愿望，深得各民主黨派、各界人民的積極擁護，推動了大后方民主運動的高漲。

解放戰(zhàn)爭的崢嶸歲月

抗日戰(zhàn)爭勝利后，為了發(fā)展陜甘寧邊區(qū)的各項建設(shè)事業(yè)，林伯渠于1945年冬，領(lǐng)導邊區(qū)人民舉行了鄉(xiāng)、縣、邊區(qū)三級的民主選舉運動。邊區(qū)群眾在投票選舉參議員時議論說：“白胡子老頭林主席，一心一意為咱們老百姓辦事，經(jīng)驗多，領(lǐng)導好，一定得選上。”在次年4月召開的邊區(qū)參議會第三屆第一次會議上，林伯渠再度榮任邊區(qū)政府主席。在此期間，他領(lǐng)導開展了減租和生產(chǎn)運動，取得了很大成績，為粉碎敵人的進攻作了一定的物質(zhì)準備。

1946年6月，蔣介石發(fā)動了全面內(nèi)戰(zhàn)。林伯渠通過邊區(qū)政府發(fā)布動員令，動員邊區(qū)人民支援解放戰(zhàn)爭。在9月16日檢閱邊區(qū)自衛(wèi)軍的大會上，他發(fā)出號召：“全邊區(qū)人民要武裝起來，積極訓練自衛(wèi)軍，防止蔣石介的進攻。”

1947年3月，國民黨派遣胡宗南等部23萬兵馬大舉進攻陜甘寧邊區(qū)，而西北解放軍僅兩萬余人。中共中央決定撤出延安，由毛澤東、周恩來、任弼時率領(lǐng)黨中央和中央軍委機關(guān)留在陜北指揮西北和全國的解放戰(zhàn)爭，劉少奇、朱德等組織中央工作委員會，前往華北進行中央委托的工作。這時，林伯渠已是61歲了，黨中央照顧老同志，想要他東渡黃河去華北。但他覺得自己是邊區(qū)政府主席，堅持要留下來，同邊區(qū)人民一起戰(zhàn)斗。

3月14日，他率領(lǐng)邊區(qū)政府一批干部離開延安，開始了一年多的轉(zhuǎn)戰(zhàn)歷程。

在轉(zhuǎn)戰(zhàn)陜北的歲月里，林伯渠在黨中央和西北局的領(lǐng)導下，率領(lǐng)邊區(qū)政府做了大量工作。陜甘寧邊區(qū)是個約150萬人口的解放區(qū)，可是由于干旱、雨澇、冰雹、霜凍等災害，災民竟達25萬之眾。林伯渠通過邊區(qū)政府發(fā)放救濟糧，成立生產(chǎn)救災會，召開各種會議，組織生產(chǎn)自救，并親自檢查救災工作。他在綏德檢查救災時，用一日兩夜的時間找人談話和批閱材料，然后召集分區(qū)黨政負責同志20余人，對當?shù)鼐葹墓ぷ髯龀隽司唧w部署。

他還領(lǐng)導邊區(qū)政府積極組織人民群眾參軍參戰(zhàn)，支援前方。邊區(qū)政府在轉(zhuǎn)戰(zhàn)期間先后動員了數(shù)萬青壯年參加主力軍和地方兵團，一萬余人參加游擊隊。還組織群眾進行救護傷員、運送物資、繳納軍糧軍草、縫制軍鞋、擁軍優(yōu)屬等工作。由于部隊調(diào)動頻繁，糧秣運輸存在困難，特別是馬草需要量大，調(diào)撥運輸更為困難。為了解決這一問題，邊區(qū)政府曾動員干部每人割100斤草，作為生產(chǎn)任務。林伯渠白天緊張工作，晚上經(jīng)常行軍轉(zhuǎn)移，身體又不大好，大家勸他不要參加割草勞動，他不聽，堅持拿著鐮刀、繩子和同志們一起上山割草。

1947年10月《中國土地法大綱》公布。11月，中共西北中央局在綏德縣義合召開陜甘寧邊區(qū)干部會議，傳達全國土地會議精神，他適當?shù)睾苡蟹执绲貜狞h的基本政策上加以解釋說明。陜北大地主安文欽，比較開明，抗日戰(zhàn)爭時期做過邊區(qū)參議會副議長。這次土地改革分了他的土地房屋。林伯渠得悉后，向毛澤東匯報。毛澤東認為做法不妥。林伯渠根據(jù)毛澤東的意見，親自處理了這件事，退還了他的一些房產(chǎn)，并向他道歉。安文欽十分感謝，說共產(chǎn)黨不忘舊情。這件事，體現(xiàn)了黨在執(zhí)行統(tǒng)一戰(zhàn)線政策中的一貫性和嚴肅性，使黨在各階層人士中贏得了威望和信譽。同年12月，林伯渠出席了黨中央在陜北米脂縣楊家溝召開的重要會議，聆聽了毛澤東《目前形勢和我們的任務》的報告。事實證明，他對土改工作的看法，完全符合“報告”的精神。

1948年4月，彭德懷率領(lǐng)的西北人民解放軍在陜甘寧邊區(qū)人民的支援下，收復了延安。5月11日，林伯渠率領(lǐng)邊區(qū)機關(guān)回到了闊別一年多、而今已是滿目瘡痍的延安，立即投入了領(lǐng)導邊區(qū)人民發(fā)展生產(chǎn)、恢復建設(shè)、迅速醫(yī)治戰(zhàn)爭創(chuàng)傷的戰(zhàn)斗。他在向記者發(fā)表談話時說：當初敵人占領(lǐng)延安的那股烏云，沒有淹沒共產(chǎn)黨人的偉大氣概，在黨中央和毛主席的領(lǐng)導下，邊區(qū)人民克服困難，戰(zhàn)勝敵人，度過災荒，創(chuàng)造了解放大西北的光明局面。今后，一定會更快地把蔣介石的反動統(tǒng)治最后送到墳墓里去。

12月間，黨中央調(diào)林伯渠去擔任新的工作。他懷著極不平靜的心情，離別了奮戰(zhàn)13個春秋的陜甘寧邊區(qū)，前往當時黨中央所在地西柏坡村，投入到了迎接新中國開國大典的神圣工作。