第二，沒有把“反人道罪”作為獨立的起訴原因，是東京審判的嚴(yán)重不足。“反人道罪”包括日本對朝鮮、臺灣等殖民統(tǒng)治地特別是在中國的占領(lǐng)區(qū)進行的殘酷統(tǒng)治罪行，如在中國實施最野蠻的燒光、殺光、搶光的“三光政策”，制造數(shù)以千計的慘案和對無設(shè)防城市居民的大轟炸，以及強制勞工、強迫婦女做隨軍“慰安婦”，等等。但在檢察官的起訴書中幾乎沒有涉及這些問題，更沒有把日本殖民統(tǒng)治的暴行作為戰(zhàn)爭犯罪來進行追究。戰(zhàn)爭最大的受害者即亞洲各國特別是中國民眾的被害沒有被擺到審判的正面。

第三，沒有起訴搞細(xì)菌戰(zhàn)和化學(xué)戰(zhàn)的日本戰(zhàn)犯，是東京審判的嚴(yán)重缺失。

由于美國的庇護，在遠東國際軍事法庭審判的日本戰(zhàn)犯中，有5000多名日本軍人公然違背國際公約在中國進行細(xì)菌戰(zhàn)和化學(xué)戰(zhàn)，參與了細(xì)菌武器、化學(xué)武器的研制、生產(chǎn)和使用，包括慘無人道的用活人進行實驗，理應(yīng)受到嚴(yán)懲，如細(xì)菌戰(zhàn)干將石井四郎、北野政次、若松有次郎、增田知貞等人（還有在哈爾濱平房、長春、南京、北平、廣州以及其他細(xì)菌戰(zhàn)部隊的眾多中層人員等），卻被美軍占領(lǐng)當(dāng)局保護起來，并掩蓋其重大的戰(zhàn)爭犯罪事實，成了為美國提供細(xì)菌戰(zhàn)研究情報的“有價值的合作者”，而被免于起訴。作為交換條件，石井四郎等20名“細(xì)菌戰(zhàn)專家”，向美國提交了長達60頁的人體實驗報告、20頁的19年的作物毀滅研究報告和8000張“細(xì)菌戰(zhàn)實驗人體及動物的解剖組織”幻燈片；另還有石井四郎本人從事“細(xì)菌戰(zhàn)各階段研究20年經(jīng)驗的專題論文”。“對美國來說，日本細(xì)菌戰(zhàn)資料對國家安全的價值遠遠超過‘指控戰(zhàn)爭罪犯’所產(chǎn)生的價值”；“如果公開細(xì)菌戰(zhàn)情報……會削弱美國科學(xué)研究開發(fā)領(lǐng)域在這方面的優(yōu)勢，……會有助于蘇聯(lián)細(xì)菌戰(zhàn)計劃。”[⑦]因而，美國的“冷戰(zhàn)”政策，使許多日本戰(zhàn)犯沒有得到應(yīng)有的懲罰。

第二次世界大戰(zhàn)前后，在細(xì)菌戰(zhàn)研究方面，日本走在世界的最前列，美國相對比較落后。美國的細(xì)菌戰(zhàn)計劃開始于1942年末，由美國陸軍化學(xué)戰(zhàn)部負(fù)責(zé)，1943年4月初具規(guī)模，而日本早在12年前就已進行，太平洋戰(zhàn)爭爆發(fā)后已經(jīng)可以用于實戰(zhàn)了。因此，當(dāng)日本投降后，美軍占領(lǐng)當(dāng)局調(diào)查日軍細(xì)菌戰(zhàn)情報時，不管是美軍的細(xì)菌戰(zhàn)研究人員，還是美國軍事情報部門，都一致認(rèn)為：“日本的細(xì)菌戰(zhàn)情報對美國的安全至關(guān)重要……[⑧]”。因而，美軍得到了石井四郎等人交出的有關(guān)鼻疽、鼠疫和炭疽的3本長達1000多頁的解剖報告，使美國人“大為滿意”。這樣，美國一方面獲得了“具有巨大價值”的細(xì)菌戰(zhàn)資料，另一方面，又達到了“不想讓蘇聯(lián)人從日本方面得到任何東西”的目的。

可見，美國的“冷戰(zhàn)”政策，使許多日本戰(zhàn)犯沒有受到應(yīng)有的懲罰。對此，它也有助于我們認(rèn)識今天的美國，美國對國際事務(wù)歷來采取雙重標(biāo)準(zhǔn)的做法，由來已久，有著深厚的歷史淵源，只要對自己有利，無視國際法的原則。

由于美國的包庇，雖然侵華日軍實施細(xì)菌戰(zhàn)、化學(xué)戰(zhàn)早已真象大白于天下，但日本政府至今不認(rèn)錯。雖經(jīng)中國細(xì)菌戰(zhàn)受害者多次向日本政府起訴、抗議，但一直到2002年8月，日本東京法院才作出“認(rèn)定有侵華日軍曾發(fā)動細(xì)菌戰(zhàn)和殺害中國人民的事實，但拒絕向受害者賠禮道歉及經(jīng)濟賠償”的裁決。不愿反省或否認(rèn)自己過錯的民族，極有可能重蹈覆轍。