（2）包括大學(xué)處分等在內(nèi)的大學(xué)具體行政和學(xué)術(shù)自治行為缺乏程序正義。大學(xué)處分、學(xué)位授予、職稱評定等具體行政和學(xué)術(shù)自治行為在實踐中由于缺乏程序正義而受到質(zhì)疑，甚至被法院撤銷。在法院歷年受理的案件中學(xué)校敗訴的很大一部分就是因為程序問題，最為典型的是田永訴北京科技大學(xué)案以及劉燕文訴北京大學(xué)案。田永在考試中作弊，學(xué)校作出勒令退學(xué)這么一個重大的決定竟然沒有通知他本人，甚至沒有書面的決定書。同樣，北京大學(xué)作出不授予劉燕文博士學(xué)位這個關(guān)乎其人生走向的大事也沒有通知他本人，他也找不到一個地方問問理由，學(xué)校竟然說沒有告知他的義務(wù)；法院在審查學(xué)校作出不授予其學(xué)位決定的理由時，北京大學(xué)的代理人竟然主張學(xué)校學(xué)位委員會的委員要對論文進(jìn)行實質(zhì)審查，即一個非無線電的專家要對一篇無線電博士學(xué)位論文進(jìn)行審查，而且在一個上午要審查幾十篇博士學(xué)位論文。

（3）教育糾紛解決機(jī)制缺失或者不完善，而僅有的教育申訴制度由于缺乏程序正義處于閑置或半閑置的狀態(tài)。大學(xué)裁判權(quán)以及有關(guān)糾紛解決機(jī)制的缺失或不完善是程序缺失的重要表現(xiàn)。我國沒有專門的教育訴訟制度，教育訴訟適用于《民事訴訟法》及《行政訴訟法》的有關(guān)規(guī)定。同時，根據(jù)現(xiàn)行法律，我國立法只確立了民商事仲裁、勞動人事爭議仲裁及農(nóng)村土地承包經(jīng)營仲裁三種類型的仲裁，而沒有專門的教育仲裁制度?！吨俨梅ā愤m用于合同糾紛和財產(chǎn)權(quán)益糾紛等民商事案件，《農(nóng)村土地承包經(jīng)營仲裁法》適用于農(nóng)村土地承包案件，不適用于教育糾紛；《勞動爭議調(diào)解仲裁法》則適用于勞動人事爭議案件，因而教師的人事爭議可以適用該法，但人事仲裁適用所有的人事爭議案件，并非專為教育糾紛的解決而設(shè)置，從而無法體現(xiàn)教育糾紛的特殊性，不能稱之為專門的教育糾紛解決機(jī)制?！督逃ā泛汀督處煼ā芬?guī)定了教育申訴制度，這是我國立法規(guī)定的唯一的專門教育糾紛解決機(jī)制，除此之外，沒有其他的教育糾紛解決機(jī)制。有些大學(xué)嘗試建立教育仲裁制度[7]，有些地方還探索建立教育法庭制度，但收效甚微，或者最終流產(chǎn)[8]。

我國僅有的專門教育糾紛解決機(jī)制——教育申訴制度由于缺乏程序正義而實際上處于閑置或半閑置的狀態(tài)，并沒有發(fā)揮應(yīng)有的作用。就學(xué)生申訴制度而言，雖然2005年教育部出臺的《高等學(xué)校學(xué)生管理規(guī)定》對學(xué)生的申訴權(quán)的行使程序進(jìn)行了完善，增強了可操作性，作為高校管理對象的學(xué)生的程序性權(quán)利從多方面得到充實，管理程序的合理性也有明顯加強，高校學(xué)生管理程序正逐步趨向規(guī)范化與法治化[9]，可以說，這是我國教育立法主張程序正義的一個典范，但該規(guī)定的申訴權(quán)卻僅限于學(xué)生處分這一個方面，學(xué)生教育申訴權(quán)的適用范圍實際上被縮減了。同時，該制度在程序上仍然存在諸多不足，如事前公布告知不明確，聽證制度欠缺，申訴處理委員會設(shè)置不周全，司法救濟(jì)規(guī)定不完備等。[10]教師申訴權(quán)至今未制定實施細(xì)則，更不要說符合正當(dāng)程序的可操作性規(guī)則了。正是這些程序性規(guī)定的不足，導(dǎo)致教育申訴制度基本上處于閑置和半閑置的狀態(tài)。

2.程序正義缺失或不完善的危害

（1）既無法保障大學(xué)利益主體的權(quán)利，也無法有效制約大學(xué)權(quán)力，權(quán)力的濫用甚至腐敗也就難以避免。程序是實現(xiàn)實體權(quán)利的有效保障，沒有相應(yīng)的程序保障，相關(guān)利益主體的實體權(quán)利義務(wù)便無法實現(xiàn)。同時，程序也是制約大學(xué)權(quán)力主體的有效手段。正是因為程序性權(quán)利的缺失或不完善，大學(xué)利益主體的很多實體權(quán)利處于紙面狀態(tài)，而無法變?yōu)閷嵢粰?quán)利。也正是由于程序規(guī)定的缺失，大學(xué)教師和學(xué)生民主參與權(quán)和監(jiān)督權(quán)等權(quán)利流于形式，既無法實現(xiàn)大學(xué)決策的科學(xué)化和民主化，無法對大學(xué)權(quán)力進(jìn)行有效的監(jiān)督，也就無法防止權(quán)力的濫用和腐敗。某些大學(xué)中出現(xiàn)的比較嚴(yán)重的腐敗現(xiàn)象與此密切相關(guān)，因為權(quán)力沒有受到權(quán)利和程序的有效制約。

（2）使得大學(xué)治理行為不符合大學(xué)治理的規(guī)律，大學(xué)治理的行政化等問題莫不與此相關(guān)。大學(xué)章程程序性規(guī)定的缺乏勢必影響據(jù)此而制定的規(guī)章制度的有效運行，其制定過程、內(nèi)容和執(zhí)行均缺乏程序正義；據(jù)章程而產(chǎn)生的大學(xué)行政權(quán)力和學(xué)術(shù)權(quán)力的行使也必然缺乏程序正義，從而影響整個大學(xué)治理的運行。同時，學(xué)術(shù)權(quán)力的行使由于缺乏可操作性的規(guī)定，或者操作性的規(guī)定不符合程序正義導(dǎo)致學(xué)術(shù)權(quán)力由校長等行政人員控制，學(xué)術(shù)權(quán)力無法按照其本源的意義來行使，這不符合大學(xué)治理的基本規(guī)律，是大學(xué)行政化產(chǎn)生的一個重要原因。根據(jù)《教育法》、《高等教育法》、《學(xué)位條例》等有關(guān)規(guī)定，大學(xué)設(shè)置學(xué)術(shù)委員會、學(xué)位評定委員會、職稱評審委員會、教學(xué)委員會、教授委員會等學(xué)術(shù)機(jī)構(gòu)，并通過這些學(xué)術(shù)機(jī)構(gòu)來行使學(xué)術(shù)權(quán)力。但由于對這些組織的成員確定、議事規(guī)則、監(jiān)督方式等程序沒有規(guī)定，或者規(guī)定不合理，不能體現(xiàn)程序公正，從而導(dǎo)致這些機(jī)構(gòu)被校長、院長等行政人員操作。比如，這些委員會的組成成員大多是學(xué)校的校長、副校長、院長、副院長、教務(wù)處長、科研處長、系主任等行政人員，普通教師比例很少，往往只是點綴，而這幾個“點綴”也往往是院長和校長比較“親密”或者“信得過”的人；即便有幾個敢于堅持原則的教師代表，由于大學(xué)行政控制學(xué)校的資源，職稱評定、干部提拔、課題申報等都掌握在校長等行政人員手里，他們因此有所顧慮，不敢堅持原則，同校長為首的行政人員“對著干”。由此，基于行政的從屬關(guān)系，學(xué)術(shù)事務(wù)的決定往往聽從校長、院長的意見，學(xué)術(shù)權(quán)力無疑容易受到行政權(quán)力的干涉，大學(xué)運行的行政化也就不可避免。