四是行政機關(guān)收集證據(jù)的程序不規(guī)范，甚至違法。有的行政機關(guān)委托不具有執(zhí)法資格的人員來參與行政行為；有的行政機關(guān)只收集了對行政相對人不利的證據(jù)，對有利于行政相對人的證據(jù)視而不見；有的行政機關(guān)甚至違法取證，肆意地為自己的執(zhí)法行為制造證據(jù)，嚴重違背了取得證據(jù)的程序要求。

五是行政機關(guān)收集的證據(jù)證明力不足。有的行政機關(guān)在筆錄中記載的被詢問人的意見含糊不清或者自相矛盾，不加仔細分析和甄別，斷章取義地作出認定，并且將詢問筆錄作為認定事實的主要標準，甚至是唯一的標準；還有的行政機關(guān)采信無權(quán)機關(guān)出具的證明和意見，導(dǎo)致認定事實的錯誤。

六是行政機關(guān)取證意識不足，沒有很好地收集證據(jù)或者沒有及時錄制證據(jù)，導(dǎo)致證據(jù)的滅失或不足。比如說，在行政賠償案件當中，行政機關(guān)在實施房屋強制拆遷時沒有依法進行統(tǒng)計登記，也沒有制定清單，在后續(xù)的司法檢查中也不能證明前面拆除過程中對當事人合法權(quán)益的保護情況，最終導(dǎo)致了不利的后果。

七是行政機關(guān)在法定期限內(nèi)提交的證據(jù)不完整。《行政訴訟法》明確規(guī)定，行政機關(guān)“應(yīng)當在收到起訴狀副本之日起十五日內(nèi)向人民法院提交作出行政行為的證據(jù)和所依據(jù)的規(guī)范性文件”。在實踐當中，被告完全不提供證據(jù)的情況實際并不多，但有的時候被告在法定期限內(nèi)提交證據(jù)不完整。例如沒有提交有關(guān)行政程序的證據(jù)，有時是由于應(yīng)訴人員工作疏忽；有時是原告無異議自認為不需要提交，但到了庭審階段，原告如果否認前面的事實，就構(gòu)成行政機關(guān)沒有在法律期限內(nèi)提供相關(guān)證據(jù)的事實，而且不能補充提交，這就難免要承擔敗訴的風險。