第二階段清理中，411件中央黨內法規(guī)和規(guī)范性文件絕大多數被廢止和宣布失效

第二階段清理采取了廢止、宣布失效、繼續(xù)有效3種處理方式：廢止160件，占清理文件總數的38.9％；宣布失效231件，占清理文件總數的56.2％；繼續(xù)有效20件，占總數的4.9％。

綜合兩個階段清理，通過對新中國成立至2012年6月期間出臺的23000多件中央文件進行全面篩查，共梳理出規(guī)范黨組織工作、活動和黨員行為的中央黨內法規(guī)和規(guī)范性文件1178件。經過清理，廢止322件，宣布失效369件，二者共占58.7％；繼續(xù)有效的487件，其中42件需適時進行修改。

細心的人也許注意到，第二階段清理后繼續(xù)有效的文件有20件，只占該時期清理文件總數的4.9％，數量很少。中辦法規(guī)局負責人介紹，其主要原因在于，第二階段清理的是新中國成立至1977年期間發(fā)布的文件，年代久遠，是針對當時特定歷史條件、特定調整事項作出的規(guī)定，具有明顯的時代性，多數實踐中已不再適用，或已被改革開放30多年來陸續(xù)出臺的新文件涵蓋、替代，“廢止和宣布失效這些文件，不會出現制度空白，不會對黨的建設和黨的領導產生不利影響。”

與第一階段清理相比，第二階段清理具有三個明顯特點：

——清理的對象更復雜。第二階段清理涉及的是新中國成立至改革開放前中央制定的文件，年代久遠，背景復雜；文件內容龐雜，涉及國家社會生活方方面面，不限于目前黨內法規(guī)制度調整的范疇，政策變動也較頻繁。

——清理的難度更大。由于當時文件歸檔制度尚不健全，文件格式和發(fā)布形式與現在不同，不同時期也不盡相同，且許多文件的起草機關被撤銷、合并或職能被劃轉，有的文件的起草機關無法查實，清理難度更大。

——清理的力度更大。第一階段清理中，廢止和宣布失效的文件有300件，占767件清理文件的39.1％；第二階段清理中，廢止和宣布失效的文件有391件，占411件清理文件的95.1％。

“文革”期間的文件如何處理？據參加清理工作的同志介紹，對“文革”期間（1966年5月—1976年10月）發(fā)布的中央文件，中央有過專門處理辦法，即在《中共中央關于清理歷史遺留問題中涉及到有關中央文件的處理辦法的通知》中規(guī)定，這些文件凡同新文件矛盾、抵觸的，一律以新文件為準，相關規(guī)定自然失效，除少數特殊情況外，不再一一宣布撤銷。因此，這次清理未將“文革”期間的文件納入清理范圍。