第一個角度：從權力配置層面去理解權力的三分。如果從權力配置的角度去理解權力的三分，那么我們可以看到，三種權力的互相制約又互相協(xié)調(diào)在政府層面的機構設置上體現(xiàn)得很明顯，因為這三者的互相制約又互相協(xié)調(diào)對于保證政府的執(zhí)行力是必需的。政府組織的架構（橫向的部門）本身也可以說是按照這三個權力來設置的。一般來說，從屬性上可以把政府機構分成三類：政策性協(xié)調(diào)性機構、政策性執(zhí)行性機構和監(jiān)督性機構，即我們所說的主要履行決策、執(zhí)行和監(jiān)督功能的三類機構。以我國中央政府機構的設置而言，比如，以“委”名義出現(xiàn)的機構通常更多地帶有決策和協(xié)調(diào)的功能，比如發(fā)改委，主要從事相關政策的制定和協(xié)調(diào)。而一些以“部”或“局”名義出現(xiàn)的機構則更多地帶有執(zhí)行的功能，盡管部分也帶有決策的功能，比如工商總局、稅務局等，這些機構既制定政策又執(zhí)行政策，有一支龐大的執(zhí)行隊伍，不妨把它們列入執(zhí)行性機構；而像監(jiān)察部、審計署之類的機構則是典型的專門的監(jiān)督性機構，對政府的其他部門行使監(jiān)督的權力。這三類機構的設置在世界上也是比較普遍的。比如在新西蘭，毛利人事務部是典型的政策性機構，主要制定與毛利人相關的政策，而社會福利部則既制定政策又執(zhí)行政策，有一支人數(shù)眾多的執(zhí)行隊伍。從政府層面來說，這三種不同權力部門的設置是應有之義，而且本身就是分開的（在我國，還有一種以“辦”的名義出現(xiàn)的機構，它通常指的是一種不具有獨立行政管理職能的機構）。因此，決策權、執(zhí)行權、監(jiān)督權既相互制約又相互協(xié)調(diào)完全可以從這一角度來考慮。

第二個角度：從機構和部門層面去理解權力的三分。就政府的一個組成機構或部門來說，它在其執(zhí)行職能的運行中，也包含了決策、執(zhí)行和監(jiān)督三個方面。在這里，決策、執(zhí)行和監(jiān)督最好被理解為三種職能。官僚制內(nèi)部的自上而下的等級結(jié)構決定了部門內(nèi)的領導者行使決策和對運作進行監(jiān)督的職能，下級執(zhí)行決策。但在實際的運行過程中，領導人要么專注于決策，而對執(zhí)行并不關顧，尤其在傳統(tǒng)的只看過程不顧結(jié)果的官僚制運作中更是如此（比如，決定運用政府采購的方式購買電腦，但最終采購的電腦既貴又型號過時）；要么集三者于一身，既掌舵，也劃槳，既做決定，也執(zhí)行決定。在韋伯式的官僚制結(jié)構中，不存在這三種權力的互相制約和互相協(xié)調(diào)的問題，有的只是一種職能上的分工，不同的等級履行不同的職能；一種非常明確的上下級命令服從關系。決策、執(zhí)行和監(jiān)督在這里要求的是統(tǒng)一，而不是制約，因為這是獲得效率的保證。因此，部門內(nèi)部的決策、執(zhí)行和監(jiān)督更多體現(xiàn)的是一種職能的運作。

那么，怎么理解《關于深化行政管理體制改革的意見》指出的“決策權、執(zhí)行權、監(jiān)督權既相互制約又相互協(xié)調(diào)”呢？它指的是政府層面的三權互相制約和互相協(xié)調(diào)，還是指的是機構、部門層面（也就是新建的大部）內(nèi)部的三權互相制約和互相協(xié)調(diào)呢？正如前面指出的，機構部門層面不存在三權、三權的明顯分野以及三權的互相制約和互相協(xié)調(diào)（確切地講，這三者只是作為職能而存在），那么，這種說法又是如何產(chǎn)生的呢？這里，有必要去追尋一下行政部門決策、執(zhí)行和監(jiān)督三分的來源。