1941年

1月，皖南事變發(fā)生。國民黨封鎖消息，周恩來為《新華日?qǐng)?bào)》書寫題詞和詩：“為江南死國難者志哀”和“千古奇冤，江南一葉，同室操戈，相煎何急！？”向國民黨當(dāng)局提出嚴(yán)正抗議，并在中共南方局內(nèi)部署應(yīng)變措施。 

1942年

組織中共南方局干部參加整風(fēng)學(xué)習(xí)。 

1943年

為配合整風(fēng)教育，多次召開中共南方局、八路軍重慶辦事處和新華日?qǐng)?bào)館黨員干部會(huì)議，講述中共黨史。7月，回延安參加整風(fēng)學(xué)習(xí)和中共七大籌備工作。 

1944年

5月，出席中共六屆七中全會(huì)，為主席團(tuán)成員。10月，在延安各界舉行的雙十節(jié)慶祝會(huì)上發(fā)表《如何解決》的演說，指出挽救當(dāng)前國內(nèi)危機(jī)的唯一正確方案是召開緊急國是會(huì)議，取消一黨專政，成立聯(lián)合政府。11月，赴重慶同國民黨談判。12月，回延安。 

1945年

1月，再到重慶談判。2月，回延安。4至6月，參加中國共產(chǎn)黨第七次全國代表大會(huì)，在會(huì)上作《論統(tǒng)一戰(zhàn)線》的發(fā)言，當(dāng)選為中央委員。在七屆一中全會(huì)上當(dāng)選為中央政治局委員、書記處書記。仍任中央軍委副主席。8月，日本宣布投降后，和毛澤東、王若飛代表中國共產(chǎn)黨赴重慶同國民黨進(jìn)行和平談判。10月10日，和王若飛代表中國共產(chǎn)黨在《會(huì)談紀(jì)要》上簽字。 

1946年

1月上旬，作為中國共產(chǎn)黨代表同馬歇爾、張群組成的三人委員會(huì)，通過談判，達(dá)成停止軍事沖突的協(xié)議。1月10日至31日，率中共代表團(tuán)參加國民黨在重慶召開的政治協(xié)商會(huì)議。5月3日，率中共代表團(tuán)由重慶遷至南京。隨后與軍事三人小組其他兩方人員赴湖北宣化店阻止國民黨軍隊(duì)向中原解放區(qū)進(jìn)攻，并同中原部隊(duì)領(lǐng)導(dǎo)人研究、部署了突圍方案。這期間，周恩來極力防止內(nèi)戰(zhàn)，爭(zhēng)取實(shí)現(xiàn)國內(nèi)和平，但國民黨軍隊(duì)終于在6月26日大舉進(jìn)攻中原解放區(qū)，全面內(nèi)戰(zhàn)爆發(fā)。11月19日，周恩來率中共代表團(tuán)返延安。12月，兼任中共中央城工部部長(zhǎng)。 

1947年

3月18日，和毛澤東等撤離延安，之后轉(zhuǎn)戰(zhàn)陜北，協(xié)助毛澤東指揮全國各戰(zhàn)場(chǎng)的人民解放戰(zhàn)爭(zhēng)，同時(shí)領(lǐng)導(dǎo)國民黨統(tǒng)治區(qū)的第二條戰(zhàn)線斗爭(zhēng)。8月，代理中央軍委總參謀長(zhǎng)。 

1948年

4月下旬，到河北省建屏縣西柏坡（今屬平山縣），協(xié)助毛澤東組織指揮遼沈、淮海、平津三大戰(zhàn)役。 

1949年

3月25日，和毛澤東等率中共中央機(jī)關(guān)進(jìn)入北平。4月，率中共代表團(tuán)同國民黨政府代表團(tuán)在北平談判，提出《國內(nèi)和平協(xié)定（最后修正案）》，南京國民黨政府拒絕接受。21日，人民解放軍強(qiáng)渡長(zhǎng)江。6月，在新政治協(xié)商會(huì)議籌備會(huì)常務(wù)委員會(huì)上當(dāng)選為新政協(xié)籌備會(huì)常務(wù)委員會(huì)副主任、《共同綱領(lǐng)》起草小組組長(zhǎng)。9月，出席中國人民政治協(xié)商會(huì)議第一屆全體會(huì)議，在會(huì)上作《關(guān)于〈中國人民政治協(xié)商會(huì)議共同綱領(lǐng)〉草案的起草經(jīng)過和特點(diǎn)》的報(bào)告；當(dāng)選為中國人民政治協(xié)商會(huì)議全國委員會(huì)委員、中央人民政府委員。10月，當(dāng)選為第一屆政協(xié)全國委員會(huì)副主席，被任命為政務(wù)院總理兼外交部長(zhǎng)、中國人民革命軍事委員會(huì)副主席。12月，指出中國經(jīng)濟(jì)建設(shè)要以農(nóng)業(yè)為基礎(chǔ)，以工業(yè)為領(lǐng)導(dǎo)。 

1950年

1至2月，和毛澤東在莫斯科同蘇聯(lián)領(lǐng)導(dǎo)人會(huì)談，簽署《中蘇友好同盟互助條約》。6月25日，朝鮮戰(zhàn)爭(zhēng)爆發(fā)。9月15日，美軍在仁川登陸，準(zhǔn)備越過“三八線”。30日，周恩來指出“不能聽任帝國主義者對(duì)自己的鄰人肆行侵略而置之不理”。10月上旬，美軍越過“三八線”向朝中邊境進(jìn)犯。周恩來協(xié)助毛澤東組織和領(lǐng)導(dǎo)抗美援朝戰(zhàn)爭(zhēng)。