1941年

1月，皖南事變發(fā)生。國民黨封鎖消息，周恩來為《新華日報》書寫題詞和詩：“為江南死國難者志哀”和“千古奇冤，江南一葉，同室操戈，相煎何急！？”向國民黨當局提出嚴正抗議，并在中共南方局內(nèi)部署應(yīng)變措施。 

1942年

組織中共南方局干部參加整風學習。 

1943年

為配合整風教育，多次召開中共南方局、八路軍重慶辦事處和新華日報館黨員干部會議，講述中共黨史。7月，回延安參加整風學習和中共七大籌備工作。 

1944年

5月，出席中共六屆七中全會，為主席團成員。10月，在延安各界舉行的雙十節(jié)慶祝會上發(fā)表《如何解決》的演說，指出挽救當前國內(nèi)危機的唯一正確方案是召開緊急國是會議，取消一黨專政，成立聯(lián)合政府。11月，赴重慶同國民黨談判。12月，回延安。 

1945年

1月，再到重慶談判。2月，回延安。4至6月，參加中國共產(chǎn)黨第七次全國代表大會，在會上作《論統(tǒng)一戰(zhàn)線》的發(fā)言，當選為中央委員。在七屆一中全會上當選為中央政治局委員、書記處書記。仍任中央軍委副主席。8月，日本宣布投降后，和毛澤東、王若飛代表中國共產(chǎn)黨赴重慶同國民黨進行和平談判。10月10日，和王若飛代表中國共產(chǎn)黨在《會談紀要》上簽字。 

1946年

1月上旬，作為中國共產(chǎn)黨代表同馬歇爾、張群組成的三人委員會，通過談判，達成停止軍事沖突的協(xié)議。1月10日至31日，率中共代表團參加國民黨在重慶召開的政治協(xié)商會議。5月3日，率中共代表團由重慶遷至南京。隨后與軍事三人小組其他兩方人員赴湖北宣化店阻止國民黨軍隊向中原解放區(qū)進攻，并同中原部隊領(lǐng)導人研究、部署了突圍方案。這期間，周恩來極力防止內(nèi)戰(zhàn)，爭取實現(xiàn)國內(nèi)和平，但國民黨軍隊終于在6月26日大舉進攻中原解放區(qū)，全面內(nèi)戰(zhàn)爆發(fā)。11月19日，周恩來率中共代表團返延安。12月，兼任中共中央城工部部長。 

1947年

3月18日，和毛澤東等撤離延安，之后轉(zhuǎn)戰(zhàn)陜北，協(xié)助毛澤東指揮全國各戰(zhàn)場的人民解放戰(zhàn)爭，同時領(lǐng)導國民黨統(tǒng)治區(qū)的第二條戰(zhàn)線斗爭。8月，代理中央軍委總參謀長。 

1948年

4月下旬，到河北省建屏縣西柏坡（今屬平山縣），協(xié)助毛澤東組織指揮遼沈、淮海、平津三大戰(zhàn)役。 

1949年

3月25日，和毛澤東等率中共中央機關(guān)進入北平。4月，率中共代表團同國民黨政府代表團在北平談判，提出《國內(nèi)和平協(xié)定（最后修正案）》，南京國民黨政府拒絕接受。21日，人民解放軍強渡長江。6月，在新政治協(xié)商會議籌備會常務(wù)委員會上當選為新政協(xié)籌備會常務(wù)委員會副主任、《共同綱領(lǐng)》起草小組組長。9月，出席中國人民政治協(xié)商會議第一屆全體會議，在會上作《關(guān)于〈中國人民政治協(xié)商會議共同綱領(lǐng)〉草案的起草經(jīng)過和特點》的報告；當選為中國人民政治協(xié)商會議全國委員會委員、中央人民政府委員。10月，當選為第一屆政協(xié)全國委員會副主席，被任命為政務(wù)院總理兼外交部長、中國人民革命軍事委員會副主席。12月，指出中國經(jīng)濟建設(shè)要以農(nóng)業(yè)為基礎(chǔ)，以工業(yè)為領(lǐng)導。 

1950年

1至2月，和毛澤東在莫斯科同蘇聯(lián)領(lǐng)導人會談，簽署《中蘇友好同盟互助條約》。6月25日，朝鮮戰(zhàn)爭爆發(fā)。9月15日，美軍在仁川登陸，準備越過“三八線”。30日，周恩來指出“不能聽任帝國主義者對自己的鄰人肆行侵略而置之不理”。10月上旬，美軍越過“三八線”向朝中邊境進犯。周恩來協(xié)助毛澤東組織和領(lǐng)導抗美援朝戰(zhàn)爭。