在公元1608年，利瑪竇的《坤輿萬國全圖》由明朝宮廷的內(nèi)監(jiān)摹繪了12份彩圖，現(xiàn)在有一份由南京博物院收藏，也成為南京博物院的鎮(zhèn)館之寶。《國家寶藏》第一季里所錄制的南京博物院的幾個(gè)國寶之一，其中就包括利瑪竇《坤輿萬國全圖》的這份母本。

在這份母本中，與之前有所不同的是，它增加了一些彩繪圖案，包括各大洋，各種帆船9艘，鯨魚、鯊魚、海獅等海生動(dòng)物15頭。南極大陸上繪有陸上動(dòng)物，包括犀牛、大象、獅子、鴕鳥等8種。所以整幅地圖看起來非常地精美，堪稱國寶。

利瑪竇在公元1583年—公元1588年間，與羅明堅(jiān)還合作編寫了一部辭書《葡漢辭典》。這本小辭典首開以拉丁字母標(biāo)注漢字讀音的先河，成為漢字拉丁字母拼音方案的鼻祖。這本辭典有點(diǎn)類似一部葡萄牙語和漢語對(duì)照的詞匯表。每一頁的編排基本分成三欄：葡萄牙語的詞條、拉丁字母的注音和漢語的詞條。葡語是按照字母排列，包括有單詞、短語，甚至還有短句，一共6000多個(gè)。漢語的詞條有5461個(gè)，大約有540多個(gè)葡語詞條沒有漢語的對(duì)應(yīng)詞。整個(gè)辭典結(jié)構(gòu)簡略，只有葡漢詞匯對(duì)照，很像現(xiàn)在外語教材中的詞匯表。

由于這個(gè)辭典是利瑪竇他們學(xué)習(xí)漢語所用，里面收錄了大量的口語詞匯。對(duì)于現(xiàn)在去研究明末口語的白化具有極其珍貴的語言學(xué)價(jià)值。已經(jīng)有很多的語言學(xué)家通過對(duì)這部辭典手稿的研究，考證出當(dāng)時(shí)的官話是以南京官話為正音的。

利瑪竇來華不久后，他發(fā)現(xiàn)他們最初所模仿的僧人打扮有一些問題。因?yàn)樵诋?dāng)時(shí)僧人的社會(huì)地位并不高，反而是通過科舉走上仕途的儒生受到人們的尊敬。這時(shí)候利瑪竇的思想發(fā)生了重要轉(zhuǎn)變，他從原來的僧人式打扮，改為留須、留發(fā)、戴儒冠、著童身服，見客時(shí)以秀才禮。合儒易佛的路線確立之后，結(jié)交中國傳統(tǒng)的士大夫就成為了以利瑪竇為代表的耶穌會(huì)士的首要任務(wù)之一。

其中與利瑪竇交好的就有徐光啟、李之藻等儒家學(xué)者。利瑪竇與徐光啟、李之藻等一起合作翻譯了近代西方的很多科技著作。比如，他和徐光啟合譯了歐幾里得的《幾何原本》，與李之藻合譯了《渾蓋通憲圖說》《同文算指》等。這些譯著的問世，開創(chuàng)了西方數(shù)學(xué)傳入中國的先河，對(duì)晚明數(shù)學(xué)的發(fā)展做出了巨大的貢獻(xiàn)。

著名的數(shù)學(xué)家丘成桐先生曾說，“400多年前，被譽(yù)為‘溝通中西文化第一人’的利瑪竇把現(xiàn)代數(shù)學(xué)引進(jìn)了中國，而他就是在肇慶開始傳播《歐幾里德幾何》等現(xiàn)代數(shù)學(xué)著作。因此，從某種意義上說，中國現(xiàn)代數(shù)學(xué)起源于肇慶。”受到利瑪竇的影響，當(dāng)時(shí)中國的士大夫開始運(yùn)用數(shù)學(xué)語言和邏輯推理的思維方式，引進(jìn)西方的思想和方法來完善中國的傳統(tǒng)數(shù)學(xué)，這使得傳統(tǒng)的數(shù)學(xué)重現(xiàn)了生機(jī)與活力。

利瑪竇在南昌與建安王交往的時(shí)候，曾經(jīng)被詢問到西方人對(duì)于友誼的看法，于是利瑪竇就把歐洲關(guān)于友誼的一些格言整理翻譯成中文，編纂出版了一本《交友論》。這是一部從古羅馬到文藝復(fù)興時(shí)期，西方哲學(xué)家論友誼格言警句的作品匯編。

在明末清初，儒家重視“四倫”，而在忽視友誼的倫理體系中，利瑪竇的《交友論》對(duì)中國士大夫來說無疑是一石激起千層浪，一經(jīng)面市，多次再版，編入了多部漢語叢書，逐漸融入了中國思想倫理的寶庫。

公元1601年，利瑪竇到北京后，夜以繼日地工作，結(jié)交達(dá)官名士，給新教徒做洗禮，培養(yǎng)新的傳教士，修建教堂，疲憊不堪，他的人生旅程也即將走到終點(diǎn)。公元1610年5月11日，利瑪竇在重病七天之后在北京逝世。從公元1582年來到澳門，他在中國渡過了人生中最寶貴的30年。按照當(dāng)時(shí)的慣例，來華客死中國的傳教士均要葬在澳門。但是教友們?yōu)榱俗駨睦敻]生前的遺愿，希望把他葬在北京。耶穌會(huì)士龐迪我向萬歷皇帝上呈，懇求能破例賜一塊地方埋葬利瑪竇。在內(nèi)閣大學(xué)士葉向高等人的多方努力下，得到了萬歷皇帝的詔準(zhǔn)，賜北京阜成門外二里溝滕公柵欄作為利瑪竇的墓地。這在中國是史無前例的，這個(gè)地方后來就成為了來華傳教士的集體墓地。

2001年10月，羅馬教皇保羅二世在《利瑪竇到北京400周年國際學(xué)術(shù)研討會(huì)致詞》中給予利瑪竇高度的評(píng)價(jià)：“利瑪竇神父最大的貢獻(xiàn)是在‘文化交融’的領(lǐng)域上。他以中文精編了一套天主教神學(xué)和禮儀術(shù)語，使中國人得以認(rèn)識(shí)耶穌基督，讓福音喜訊與教會(huì)能在中國文化里降生。由于利瑪竇神父如此地道的‘做中國人中間的中國人’，使他成為大‘漢學(xué)家’，這是以文化和精神上最深邃的意義來說的，因?yàn)樗谧约荷砩习阉捐I與學(xué)者、天主教徒與東方學(xué)家、意大利人和中國人的身份，令人驚嘆地融合在一起。”

在中國，2000年在北京修建了中華世紀(jì)壇，其中有個(gè)巨型浮雕《中華千秋頌》，里面有100多位對(duì)中華文明做出貢獻(xiàn)的歷史名人，其中有兩位是外國人，一位就是馬可·波羅，另一位就是利瑪竇。他們兩人在中西文化交流史上做出了不可磨滅的貢獻(xiàn)。馬可·波羅把中國介紹給世界，而利瑪竇則把世界介紹給中國。