在國企兼并重組的過程中，另一個值得關注的問題是按照國企的不同類別和功能實施監(jiān)管，開展兼并重組。

李曙光表示，國企在兼并重組中應該“有進有退”。對于涉及國家政治、經濟安全，和關系國計民生的公益類國企，應該做大做強，提高國有化程度。其他競爭較為充分的商業(yè)類國企，也可以成為被兼并重組的對象。

劉俊海認為，國企的兼并重組不能簡單地說應該“國進民退”或者“民進國退”，應當尊重市場選擇，分類看待。商業(yè)類國企由于其本身保值增值的的目的，可以按照商業(yè)化運作。

上海國有資本運營研究院常務副院長、上海社科院部門經濟研究所所長楊建文表示，國企的兼并重組還需要與國家的產業(yè)政策相協(xié)調。

他舉例說，醫(yī)療器械、交通建設等高端裝備制造業(yè)，既面臨激烈的國際競爭，又屬于公益類、基礎類的國企，應當成為優(yōu)先開展兼并重組的對象，努力做大做強。

在《指導意見》明確公布后，接下來的國企改革中，他建議應該對國企進行更為細致的分類，在公益類和商業(yè)類的功能分類基礎上，還要按照不同行業(yè)、不同細分領域來分類，實行更具有針對性的改革措施。