校長是學校法人代表和行政主要負責人，主持學校行政工作，全面負責教學、科研、行政管理工作。可以從兩個方面去理解：其一，校長主持行政工作，在黨委領(lǐng)導下依法獨立負責地行使管理職權(quán)。校長要對黨委負責，全面貫徹黨的教育方針，組織實施黨委集體討論決定的重大事項，切實把黨委決策部署落到實處；要全面負責教學、科研、行政管理工作，獨立負責地行使管理權(quán)力，依法依規(guī)（包括學校章程）對校務(wù)及事關(guān)師生員工現(xiàn)實利益的重大問題作出決定并付諸實施，或形成議案提交黨委研究決策。其二，行政系統(tǒng)實行首長負責制，校長是行政事務(wù)的最終決策者，主要運用行政權(quán)力推進工作。在現(xiàn)代社會，高校面臨來自外部需求和內(nèi)部變革的挑戰(zhàn)和壓力越來越大，強有力的行政系統(tǒng)在學校發(fā)展中的作用越來越重要。行政系統(tǒng)具有科層制屬性，實行首長負責制，校長是行政最高首長，擁有最大的行政權(quán)力。因此，雖然校長要及時召集并主持校長辦公會議或校務(wù)會議，就擬定由黨委討論決定的重要事項方案、部署落實黨委決議的有關(guān)措施，以及教學、科研、行政管理方面的重點工作等議題，在廣泛聽取與會人員意見的基礎(chǔ)上做出決定，保證科學決策、民主決策和依法決策，但作出最終決策的人只能是校長，他必須對決策結(jié)果負責。這也是校長和黨委在決策方式上的顯著區(qū)別。同時，為保證管理效率，行政系統(tǒng)特別強調(diào)所有管理層級從上到下的意志統(tǒng)一和令行禁止，主要通過規(guī)定、命令、督促、檢查、獎懲等行政管理方式推進工作，用行政權(quán)力保證學校各項建設(shè)發(fā)展任務(wù)的完成。

黨委領(lǐng)導與校長負責是相互依存、不可分割的有機整體，形成黨政合力需要制度保障，重在建立健全黨政分工合作、協(xié)調(diào)運行的工作機制。黨委領(lǐng)導下的校長負責制是我國高校的內(nèi)部領(lǐng)導體制，旨在從制度上規(guī)范學校黨委與行政的關(guān)系，規(guī)定黨委領(lǐng)導權(quán)力和校長行政權(quán)力的運行邊界和實現(xiàn)形式，既保證黨委對學校工作的統(tǒng)一領(lǐng)導，堅持正確的辦學方向，又支持校長依法獨立負責地行使職權(quán)，落實教學科研工作的中心地位，保證黨委決策落到實處并取得成效。從制度設(shè)計的角度講，黨委領(lǐng)導與校長負責是相互依存、不可分割的有機整體，其中黨委領(lǐng)導是核心，校長負責是關(guān)鍵，二者不是“混合物”而是“化合物”：在工作職能上分，在工作目標上合；在一般工作上分，在重大問題上合；在工作制度上分，在工作關(guān)系上合。堅持和完善黨委領(lǐng)導下的校長負責制，根本出發(fā)點和落腳點是要形成黨政合力，辦好讓人民滿意的大學，培養(yǎng)中國特色社會主義事業(yè)的合格建設(shè)者和可靠接班人。為此，必須高度重視制度的規(guī)約和保障作用，大力加強制度建設(shè)，努力建立健全黨政分工合作、協(xié)調(diào)運行的工作機制。要完善學校領(lǐng)導班子組織制度，健全黨委全委會、黨委常委會、校長辦公會或校務(wù)會議的議事規(guī)則，規(guī)范重大問題和重要事項的決策程序，切實貫徹執(zhí)行民主集中制；堅持集體領(lǐng)導和個人分工負責相結(jié)合，集體決定的事情，班子成員按照工作分工各司其職、各負其責，相互支持、密切配合；健全黨委書記與校長、領(lǐng)導班子成員之間的溝通協(xié)調(diào)機制，切實做到日常工作定期溝通、重要決策事先溝通、緊急事項及時溝通。