司馬遷做了太史令以后，就有了閱讀外面看不到的書籍和重要資料的機會。這為他以后著史記提供了良好的條件?？墒?，資料整理工作非常繁復。由于當時的那些藏書和國家檔案都雜亂無序，連一個可以查考的目錄也沒有，司馬遷必須從一大堆的木簡和絹書中找線索，去整理和考證史料。司馬遷幾年如一日,絞盡腦汁，費盡心血，幾乎天天都埋著頭整理和考證史料。

司馬遷一直記得父親的遺志，他決心效法孔子編纂《春秋》，寫出一部同樣能永垂不朽的史著。公元前104年，司馬遷在主持歷法修改工作的同時，正式動手寫他的偉大著作史記

二、直言受宮刑

天漢二年(公元前99年)，正當司馬遷全身心地撰寫史記之時，卻遇上了飛來橫禍，這就是李陵事件。

這年夏天，武帝派自己寵妃李夫人的哥哥、二師將軍李廣利領兵討伐匈奴，另派李廣的孫子、別將李陵隨從李廣利押運輜重。李廣帶領步卒五千人出居延，孤軍深入?；?，與單于遭遇。匈奴以八萬騎兵圍攻李陵。經過八晝夜的戰(zhàn)斗，李陵斬殺了一萬多匈奴，但由于他得不到主力部隊的后援，結果彈盡糧絕，不幸被俘。

李陵兵敗的消息傳到長安后，武帝本希望他能戰(zhàn)死，后聽說他卻投了降，憤怒萬分，滿朝文武官員察言觀色，趨炎附勢，幾天前還紛紛稱贊李陵的英勇，現在卻附和漢武帝，指責李陵的罪過。漢武帝詢問太史令司馬遷的看法，司馬遷一方面安慰武帝，一方面也痛恨那些見風使舵的大臣，盡力為李陵辯護。他認為李陵平時孝順母親，對朋友講信義，對人謙虛禮讓，對士兵有恩信，常常奮不顧身地急國家之所急，有國士的鳳范。司馬遷痛恨那些只知道保全自己和家人的大臣，他們如今見李陵出兵不利，就一味地落井下石，夸大其罪名。他對漢武帝說:"李陵只率領五千步兵，深入匈奴，孤軍奮戰(zhàn)，殺傷了許多敵人，立下了赫赫功勞。在救兵不至、彈盡糧絕、走投無路的情況下，仍然奮勇殺敵。就是古代名將也不過如此。李陵自己雖陷于失敗之中，而他殺傷匈奴之多，也足以顯赫于天下了。他之所以不死，而是投降了匈奴，一定是想尋找適當的機會再報答漢室。"

司馬遷的意思似乎是二師將軍李廣利沒有盡到他的責任。他的直言觸怒了漢武帝，漢武帝認為他是在為李陵辯護，諷刺勞師遠征、戰(zhàn)敗而歸的李廣利，于是下令將司馬遷打入大牢。

司馬遷被關進監(jiān)獄以后，案子落到了當時名聲很臭的酷吏杜周手中，杜周嚴刑審訊司馬遷，司馬遷忍受了各種肉體和精神上的殘酷折磨。面對酷吏，他始終不屈服，也不認罪。司馬遷在獄中反復不停地問自己"這是我的罪嗎?這是我的罪嗎?我一個做臣子的，就不能發(fā)表點意見？"不久，有傳聞說李陵曾帶匈奴兵攻打漢朝。漢武帝信以為真，便草率地處死了李陵的母親、妻子和兒子。司馬遷也因此事被判了死刑。