吏部下轄文選、驗封、稽勛、考功四清吏司。尚書掌天下官吏選授、封勛、考課之政令，以甄別人才，贊天子治。文選司掌官吏班秩遷升、改調之事；驗封司掌封爵、襲陽、褒贈、吏算之事；稽勛司掌勛級、名籍、喪養(yǎng)之事；考功司掌官吏考課、黜陟之事。

戶部下轄浙江、江西、湖廣、陜西、廣東、山東、福建、河南、山西、四川、廣西、貴州、云南十三清吏司。戶部尚書掌全國戶口、田賦之政令。十三司各掌其分省之事，兼領所分兩京、直隸貢賦，及諸司、衛(wèi)所俸祿，邊鎮(zhèn)糧餉，并各倉場鹽課、鈔關。每司分為四科：（1）民科，掌管所屬省府、州、縣地理、人物、圖志、古今沿革、山川險易、土地肥脊、寬狹、戶口、物產多寡登耗之數(shù)。（2）度支科，掌管會計夏稅、秋糧、存留、起運及賞賚、祿秩之經(jīng)費。（3）金科，掌管市舶、魚鹽、茶鈔銳課及臟罰之收析。（4）倉科，掌管漕運、軍儲出納料糧。

禮部下轄儀制、祠祭、主客、精膳四清吏司。尚書掌天下禮儀、祭祀、宴饗、貢舉之政令。議制司掌諸禮文、宗封、貢舉、學校之事；祠祭司掌諸祀典及天文、國恤、廟諱之事；主客司掌諸蕃朝貢接待給賜之事；精膳司掌宴饗、牲豆、酒膳之事。

兵部下轄武選、職方、車駕、武庫四清吏司。尚書掌全國武衛(wèi)官軍選授、簡練之政令；武選司掌衛(wèi)所士官選授、升調、襲替、功賞之事；職方司掌輿圖、軍制、城隍、鎮(zhèn)戍、簡練、征討之事；車駕司掌鹵簿、儀仗、禁衛(wèi)、驛傳、廄牧之事。武庫司掌戎器、符勘、尺籍、武學薪隸之事。

刑部下轄浙江、江西、湖廣、陜西、廣東、山東、福建、河南、山西、四川、廣西、貴州、云南十三清吏司。尚書掌天下刑名及徒隸、勾復、關禁之政令。十三司各掌其分省及兼領所分京府、直隸之刑名。

工部下轄營繕、虞衡、都水、屯田四清吏司。尚書掌天下百官、山澤之政令。營繕司掌經(jīng)營興作之事；虞衡司掌山澤采捕、陶冶之事；都水司掌川澤、波池、橋道、舟車、織造、券契、量衡之事；屯田司掌屯種、抽分、薪炭、夫役、墳墓之事。

明以前歷代中央輔政體制是丞相制。其基本的權力由兩部分構成，一是決策權，一是行政執(zhí)行權。丞相既"掌承天子"，直接握有一定的決策權，又"輔助萬機"，作為百司首腦，主持對決策的實施。朱元璋的廢相，對此結構作了一大變更，行政執(zhí)行權歸屬六部，決策權則全部收歸皇帝手中。因而，皇帝的權力大大加強。

政治上集權的同時，朱元璋在軍事上也實行"分權制衡"。明初基本的軍事力量是衛(wèi)所軍。"明以武功定天下，革元舊制，自京師達于郡縣，皆立衛(wèi)所。"①大抵5600人為一衛(wèi)，1120人為一千戶所，112人為一百戶所，衛(wèi)所設有衛(wèi)指揮、千戶、百戶等官。洪武初年，由大都督府的大都督節(jié)制中外諸軍。洪武十三年，改大都督府為中、左、右、前、后五軍都督府，分領在京衛(wèi)所和在外都司。都督府所管僅是兵籍和軍政，不能直接統(tǒng)率軍隊。軍官的選授權在兵部，而軍隊的調遣和最高指揮權則在皇帝。打仗時，兵部奉旨調兵、任命總兵，發(fā)給印信。戰(zhàn)后，總兵官交還印信，士兵回歸原來衛(wèi)所。這樣，兵部、都督府、總兵官都不能獨專軍權。

①《明史·兵志一》卷八十九。