第二個階段，從1989年到2001年是中美關(guān)系在動蕩中不斷發(fā)展的階段。上世紀(jì)80年代末和90年代初，國際、國內(nèi)出了兩件大事：一是中國國內(nèi)發(fā)生了“六四事件”，二是蘇聯(lián)解體。

前面提到，中美兩國走到一起是出于“共同威脅”的戰(zhàn)略考慮，在這種情況下，兩國在政治制度和意識形態(tài)方面的巨大差異被相對忽視了。“六四事件”則使中美兩國在政治上和意識形態(tài)上的差異暴露了出來，蘇聯(lián)的解體又使中美原先進行戰(zhàn)略合作的基礎(chǔ)不復(fù)存在了。這兩件大事的影響疊加在一起使美國對華政策的主題詞發(fā)生了重大變化，由原來的應(yīng)對“共同威脅”轉(zhuǎn)向了尋求所謂的“制度認(rèn)同”，中美關(guān)系就此進入到起伏不定的動蕩時期。

其中一個突出的現(xiàn)象就是中美關(guān)系中麻煩不斷。從1989年到2001年，在短短的12年間中美關(guān)系先后出現(xiàn)了六次比較大的危機：第一次危機是在1989以后，美國對中國實施全面制裁。第二次危機發(fā)生在1993年，持續(xù)到1994年?？肆诸D接替老布什當(dāng)選為美國總統(tǒng)，競選時克林頓就嚴(yán)厲批評了老布什政府相對比較溫和的對華政策，表示一定要對中國施壓?？肆诸D上臺后不久即宣布，將給予中國“最惠國待遇”與中國的所謂“人權(quán)”狀況掛鉤。第三次危機是1993年發(fā)生的“銀河號事件”，美國認(rèn)為中國向伊朗出售了違禁武器，在公海上公然攔截中國的商船，而且還登船檢查，這個事件對兩國關(guān)系造成了很大傷害。第四次危機是1995年李登輝訪美導(dǎo)致了臺海局勢緊張，美國派兩艘航母到臺灣海峽。第五次危機是1999年美國空襲南斯拉夫，轟炸中國駐南斯拉夫大使館。第六次危機是2001年小布什上臺后宣稱中國是美國的“戰(zhàn)略競爭者”，在這期間發(fā)生了“南海撞機事件”。之后，小布什在電視上公開表示要武力協(xié)防臺灣。作為總統(tǒng)在電視上講美國要武力協(xié)助臺灣，這在歷史上是第一次，而且小布什宣布大規(guī)模對臺軍售，金額高達150億美元。

這段時期，一方面中美關(guān)系起伏不定，另一方面中美關(guān)系在經(jīng)貿(mào)領(lǐng)域?qū)崿F(xiàn)質(zhì)的突破。原來中美關(guān)系合作的基礎(chǔ)是對付共同的敵人，“冷戰(zhàn)”結(jié)束了，蘇聯(lián)解體了，那么，什么是中美關(guān)系新的基礎(chǔ)呢？“冷戰(zhàn)”結(jié)束后，經(jīng)濟全球化迅速發(fā)展，而中國的改革開放也在鄧小平南巡講話后進入快車道，兩種因素疊加在一起，使得兩國間經(jīng)貿(mào)關(guān)系迅速發(fā)展起來。中美建交的時候，中美貿(mào)易額只有29億美元，而到了2001年，中美兩國的年貿(mào)易額達到近800億美元。美國直接對華投資累計達500億美元。總之，經(jīng)貿(mào)關(guān)系已經(jīng)發(fā)展成為中美關(guān)系的重要基礎(chǔ)，被稱為是兩國關(guān)系的“壓艙石”。而且在這期間，經(jīng)過13年的艱苦談判，中國于2001年正式加入世界貿(mào)易組織，為中美兩國經(jīng)貿(mào)關(guān)系進一步發(fā)展提供了更為有利的保障。