1946年

1月上旬，作為中國共產(chǎn)黨代表同馬歇爾、張群組成的三人委員會(huì)，通過談判，達(dá)成停止軍事沖突的協(xié)議。1月10日至31日，率中共代表團(tuán)參加國民黨在重慶召開的政治協(xié)商會(huì)議。5月3日，率中共代表團(tuán)由重慶遷至南京。隨后與軍事三人小組其他兩方人員赴湖北宣化店阻止國民黨軍隊(duì)向中原解放區(qū)進(jìn)攻，并同中原部隊(duì)領(lǐng)導(dǎo)人研究、部署了突圍方案。這期間，周恩來極力防止內(nèi)戰(zhàn)，爭取實(shí)現(xiàn)國內(nèi)和平，但國民黨軍隊(duì)終于在6月26日大舉進(jìn)攻中原解放區(qū)，全面內(nèi)戰(zhàn)爆發(fā)。11月19日，周恩來率中共代表團(tuán)返延安。12月，兼任中共中央城工部部長。

1947年

3月18日，和毛澤東等撤離延安，之后轉(zhuǎn)戰(zhàn)陜北，協(xié)助毛澤東指揮全國各戰(zhàn)場的人民解放戰(zhàn)爭，同時(shí)領(lǐng)導(dǎo)國民黨統(tǒng)治區(qū)的第二條戰(zhàn)線斗爭。8月，代理中央軍委總參謀長。

1948年

4月下旬，到河北省建屏縣西柏坡（今屬平山縣），協(xié)助毛澤東組織指揮遼沈、淮海、平津三大戰(zhàn)役。

1949年

3月25日，和毛澤東等率中共中央機(jī)關(guān)進(jìn)入北平。4月，率中共代表團(tuán)同國民黨政府代表團(tuán)在北平談判，提出《國內(nèi)和平協(xié)定（最后修正案）》，南京國民黨政府拒絕接受。21日，人民解放軍強(qiáng)渡長江。6月，在新政治協(xié)商會(huì)議籌備會(huì)常務(wù)委員會(huì)上當(dāng)選為新政協(xié)籌備會(huì)常務(wù)委員會(huì)副主任、《共同綱領(lǐng)》起草小組組長。9月，出席中國人民政治協(xié)商會(huì)議第一屆全體會(huì)議，在會(huì)上作《關(guān)于〈中國人民政治協(xié)商會(huì)議共同綱領(lǐng)〉草案的起草經(jīng)過和特點(diǎn)》的報(bào)告；當(dāng)選為中國人民政治協(xié)商會(huì)議全國委員會(huì)委員、中央人民政府委員。10月，當(dāng)選為第一屆政協(xié)全國委員會(huì)副主席，被任命為政務(wù)院總理兼外交部長、中國人民革命軍事委員會(huì)副主席。12月，指出中國經(jīng)濟(jì)建設(shè)要以農(nóng)業(yè)為基礎(chǔ)，以工業(yè)為領(lǐng)導(dǎo)。