第二，全國(guó)抗戰(zhàn)爆發(fā)后，在紅軍改編為國(guó)民革命軍后的指揮權(quán)問(wèn)題上與國(guó)民黨的斗爭(zhēng)，黨和黨所領(lǐng)導(dǎo)的八路軍、新四軍在與國(guó)民黨及其軍隊(duì)共同抗日的大局下，堅(jiān)持獨(dú)立自主的方針，堅(jiān)持黨對(duì)紅軍的獨(dú)立指揮權(quán)，保持獨(dú)立性。具體有如下幾點(diǎn)：

一是在紅軍改編的談判中堅(jiān)持紅軍改編后的獨(dú)立指揮權(quán)。蔣介石企圖通過(guò)改編來(lái)削弱紅軍并取得對(duì)紅軍的控制權(quán)，因此最初只允許紅軍改編為2個(gè)師1.5萬(wàn)人，不設(shè)獨(dú)立的指揮部，由國(guó)民政府軍事委員會(huì)派遣政訓(xùn)人員和各師參謀長(zhǎng)及各級(jí)副職，并要毛澤東和朱德出國(guó)留洋。這時(shí)在陜甘寧地區(qū)的紅軍部隊(duì)有7.4萬(wàn)人。中共中央給中共談判代表的指示是，紅軍作戰(zhàn)堅(jiān)持在“整個(gè)戰(zhàn)略方針下執(zhí)行獨(dú)立自主的分散作戰(zhàn)的游擊戰(zhàn)爭(zhēng)”的原則；紅軍改編為3個(gè)師4.5萬(wàn)人，并必須設(shè)立總指揮部。中共談判代表根據(jù)中共中央的指示，與國(guó)民黨方面據(jù)理力爭(zhēng)，堅(jiān)決堅(jiān)持黨對(duì)紅軍的領(lǐng)導(dǎo)權(quán)，最后國(guó)民黨當(dāng)局同意紅軍改編為3個(gè)師4萬(wàn)余人。對(duì)于國(guó)民黨派遣政訓(xùn)人員和各級(jí)副職以及請(qǐng)朱德、毛澤東“出洋”等要求，中共談判代表堅(jiān)決予以拒絕，并堅(jiān)持設(shè)立紅軍總指揮部和政治部，保留紅軍的指揮權(quán)。而蔣介石在紅軍保留獨(dú)立指揮權(quán)問(wèn)題上一直不肯讓步，直至上海“八一三”抗戰(zhàn)爆發(fā)，他急需紅軍開赴華北前線參戰(zhàn)，才不得不允許紅軍設(shè)立總指揮部，放棄派遣政訓(xùn)人員，從而保留了黨對(duì)紅軍的獨(dú)立指揮權(quán)。1937年8月25日，中央革命軍事委員會(huì)發(fā)布紅軍改編為國(guó)民革命軍第八路軍的命令中指出：“各師改編為國(guó)民革命軍后，必須加強(qiáng)黨的領(lǐng)導(dǎo)，保持和發(fā)揮十年斗爭(zhēng)的光榮傳統(tǒng)，堅(jiān)決執(zhí)行黨中央與軍委會(huì)的命令，保證紅軍在改編后應(yīng)完成共產(chǎn)黨的黨軍，為黨的路線及政策而斗爭(zhēng)，完成中國(guó)革命之偉大使命。”

二是建立健全黨領(lǐng)導(dǎo)人民軍隊(duì)的指揮體制。1937年8月下旬，中共中央政治局會(huì)議決定成立新的中共中央革命軍事委員會(huì)，統(tǒng)一領(lǐng)導(dǎo)八路軍、新四軍和其他抗日人民軍隊(duì)。在中央革命軍事委員會(huì)下成立了中共中央軍委前方分會(huì)，后改稱華北軍分會(huì)，朱德為書記、彭德懷為副書記，領(lǐng)導(dǎo)八路軍的全面工作；同年12月成立了中共中央軍委新四軍分會(huì)，項(xiàng)英為書記、陳毅為副書記，領(lǐng)導(dǎo)新四軍的全面工作。在八路軍和新四軍的部隊(duì)中，也像紅軍中一樣建立了黨的各級(jí)組織，領(lǐng)導(dǎo)所屬部隊(duì)。

三是恢復(fù)了因受國(guó)民黨干涉而取消的政治委員制度和政治部的名稱。在紅軍改編談判中，為顧全大局，中共一度同意國(guó)民黨方面的要求，取消了各級(jí)部隊(duì)的政治委員，并將政治部（處）改為政訓(xùn)處。平型關(guān)戰(zhàn)斗結(jié)束后，總政治部主任任弼時(shí)派總政治部組織部部長(zhǎng)黃克誠(chéng)到第115師檢查部隊(duì)政治工作情況，黃克誠(chéng)到了第115師師部及該師兩個(gè)團(tuán)，前后半個(gè)月時(shí)間，與師首長(zhǎng)和團(tuán)營(yíng)連的指戰(zhàn)員進(jìn)行座談，發(fā)現(xiàn)部隊(duì)政治工作明顯削弱，軍閥習(xí)氣開始滋長(zhǎng)蔓延。他將這些情況向任弼時(shí)作了匯報(bào)，建議恢復(fù)政治委員制度，開展反軍閥主義傾向的斗爭(zhēng)，保持紅軍的優(yōu)良傳統(tǒng)和作風(fēng)。任弼時(shí)責(zé)成黃克誠(chéng)將檢查情況及建議起草一份報(bào)告，經(jīng)審閱后，由朱德、彭德懷、任弼時(shí)于1937年10月19日上報(bào)中共中央。報(bào)告中建議：一是團(tuán)以上或獨(dú)立營(yíng)執(zhí)行黨代表制度，職權(quán)與過(guò)去政委相同；二是旅設(shè)政治處，負(fù)責(zé)領(lǐng)導(dǎo)旅政治工作；三是師政訓(xùn)處改為政治部等。10月22日，張聞天、毛澤東致電朱德、彭德懷、任弼時(shí)等，指出：“關(guān)于恢復(fù)政治委員及政治機(jī)關(guān)原有制度，我們完全同意，請(qǐng)即速令執(zhí)行。惟黨代表名義不妥，仍應(yīng)名為政治委員。”同月24日，八路軍總部轉(zhuǎn)發(fā)中共中央決定：在人民軍隊(duì)中恢復(fù)政治委員及政治機(jī)關(guān)原有制度，團(tuán)以上及獨(dú)立營(yíng)設(shè)立政治委員；師、旅、團(tuán)政訓(xùn)處改為政治部（處），其職權(quán)和工作與過(guò)去政治部（處）相同。隨即在八路軍恢復(fù)了政治委員制度和政治工作制度，黨中央任命聶榮臻為第115師政治委員、關(guān)向應(yīng)為第120師政治委員、張浩為第129師政治委員，后鄧小平接任第129師政治委員。1938年組建的新四軍也同八路軍一樣建立了政治委員制度和政治工作制度，保證了黨對(duì)人民軍隊(duì)的絕對(duì)領(lǐng)導(dǎo)。