6月3日，孫中山復(fù)函黃興，仍堅(jiān)持自己的主張，希望黃“靜養(yǎng)兩年”，并與黃相約今后只論私交，不談公事。原函如下：

長函誦悉，甚感盛情。然弟終以為欲建設(shè)一完善民國，非有弟之志，非行弟之法不可。兄所見既異，不肯附從，以再圖第三次之革命，則弟甚望兄能靜養(yǎng)兩年，俾弟一試吾法。若兄分途并進(jìn)，以行暗殺，則殊礙吾事也。蓋吾甚利袁之生而撲之，如兄計(jì)畫(劃)成功，袁死于旦夕，則吾之計(jì)畫必壞。果爾，則弟從此亦不再聞國事矣。是兄不肯讓弟以二年之時(shí)間，則弟只有于兄計(jì)畫(劃)成功之日，讓兄而已。此復(fù)。又，此后彼此可不談公事，但私交上兄實(shí)為我良友，切勿以公事不投而間之也。幸甚。見《黃興集》。

7月22日，中華革命黨在東京召開第一次大會(huì)，到會(huì)代表僅8省，孫中山當(dāng)選為總理。黃興因自己一心護(hù)黨，反受毀傷，很覺灰心，此時(shí)如再留在東京，恐同志間誤會(huì)更多，遂決定離開日本。6月27日，他在寓所宴請孫中山話別，席間“未談國事”。孫中山集成語贈(zèng)以一聯(lián)：“安危他日終須仗，甘苦來時(shí)再共嘗”。從孫黃分手的情況看來，兩人均有依依惜別，黯然神傷之感。

6月30日，黃興由李書城、石陶鈞陪同，乘船前往美國。