2016年，全市PM2.5平均濃度較2013年下降18.4%，SO2濃度下降62.3%，重污染天數(shù)減少32.8%。局部水環(huán)境質(zhì)量有所改善，密云水庫蓄水量突破16億立方米，水體質(zhì)量保持在國家地表水二類標(biāo)準(zhǔn)以上。生態(tài)治理工作取得積極進展，全市森林覆蓋率提高到42%。

北京市高度重視中央環(huán)境保護督察工作，嚴(yán)查嚴(yán)處群眾舉報案件，并向社會公開。截至2017年2月底，督察組交辦的2346件環(huán)境問題舉報已全部辦結(jié)，共責(zé)令整改1220家，立案處罰188家，拘留28人，約談624人，問責(zé)45人。

督察指出，北京市生態(tài)環(huán)境保護工作雖然取得積極進展，但壓力傳導(dǎo)不夠與工作統(tǒng)籌不足的問題依然存在，一些長期積累的矛盾和問題尚未得到有效解決，城市環(huán)境管理比較粗放。存在的主要問題有：

一是工作落實和考核問責(zé)不夠到位。北京市環(huán)境保護工作存在壓力傳導(dǎo)層層遞減，考核流于形式，追責(zé)不力等問題。部分基層領(lǐng)導(dǎo)干部在思想認(rèn)識上習(xí)慣把環(huán)境問題歸咎于客觀原因，談及大氣污染就強調(diào)區(qū)域外來輸入，談到水污染就強調(diào)水資源不足，對主觀原因和自身工作問題認(rèn)識不足。一些部門履職不到位，市國土資源局違反相關(guān)規(guī)定，為北京哲君科技開發(fā)有限公司采礦許可證延期；市發(fā)展改革部門協(xié)調(diào)落實不力，致使全市本地發(fā)電量不降反增，外調(diào)電比例從2013年63.8%下降至2015年56.5%，給大氣污染治理工作帶來被動。

北京市清潔空氣行動計劃、水污染治理方案等均提出明確的任務(wù)目標(biāo)和考核標(biāo)準(zhǔn)，但執(zhí)行過程考核不嚴(yán)，問責(zé)不力。華能北京熱電廠新增燃?xì)獍l(fā)電機組（三期）項目未按時完成，但考核結(jié)果為完成；2014年懷柔等7個區(qū)清潔空氣行動計劃考核結(jié)果為不合格，但未按規(guī)定向社會公開，也未對有關(guān)單位和個人實施問責(zé)。

部門之間協(xié)同不夠，建筑垃圾及渣土車管理由6個部門分段負(fù)責(zé)，輪流牽頭，多頭管理；煤質(zhì)監(jiān)管分工交叉，市級質(zhì)監(jiān)、工商部門互相推諉，2016年均未開展相應(yīng)工作。