第二階段清理中，411件中央黨內(nèi)法規(guī)和規(guī)范性文件絕大多數(shù)被廢止和宣布失效

第二階段清理采取了廢止、宣布失效、繼續(xù)有效3種處理方式：廢止160件，占清理文件總數(shù)的38.9％；宣布失效231件，占清理文件總數(shù)的56.2％；繼續(xù)有效20件，占總數(shù)的4.9％。

綜合兩個階段清理，通過對新中國成立至2012年6月期間出臺的23000多件中央文件進(jìn)行全面篩查，共梳理出規(guī)范黨組織工作、活動和黨員行為的中央黨內(nèi)法規(guī)和規(guī)范性文件1178件。經(jīng)過清理，廢止322件，宣布失效369件，二者共占58.7％；繼續(xù)有效的487件，其中42件需適時進(jìn)行修改。

細(xì)心的人也許注意到，第二階段清理后繼續(xù)有效的文件有20件，只占該時期清理文件總數(shù)的4.9％，數(shù)量很少。中辦法規(guī)局負(fù)責(zé)人介紹，其主要原因在于，第二階段清理的是新中國成立至1977年期間發(fā)布的文件，年代久遠(yuǎn)，是針對當(dāng)時特定歷史條件、特定調(diào)整事項作出的規(guī)定，具有明顯的時代性，多數(shù)實踐中已不再適用，或已被改革開放30多年來陸續(xù)出臺的新文件涵蓋、替代，“廢止和宣布失效這些文件，不會出現(xiàn)制度空白，不會對黨的建設(shè)和黨的領(lǐng)導(dǎo)產(chǎn)生不利影響。”

與第一階段清理相比，第二階段清理具有三個明顯特點：

——清理的對象更復(fù)雜。第二階段清理涉及的是新中國成立至改革開放前中央制定的文件，年代久遠(yuǎn)，背景復(fù)雜；文件內(nèi)容龐雜，涉及國家社會生活方方面面，不限于目前黨內(nèi)法規(guī)制度調(diào)整的范疇，政策變動也較頻繁。

——清理的難度更大。由于當(dāng)時文件歸檔制度尚不健全，文件格式和發(fā)布形式與現(xiàn)在不同，不同時期也不盡相同，且許多文件的起草機(jī)關(guān)被撤銷、合并或職能被劃轉(zhuǎn)，有的文件的起草機(jī)關(guān)無法查實，清理難度更大。

——清理的力度更大。第一階段清理中，廢止和宣布失效的文件有300件，占767件清理文件的39.1％；第二階段清理中，廢止和宣布失效的文件有391件，占411件清理文件的95.1％。

“文革”期間的文件如何處理？據(jù)參加清理工作的同志介紹，對“文革”期間（1966年5月—1976年10月）發(fā)布的中央文件，中央有過專門處理辦法，即在《中共中央關(guān)于清理歷史遺留問題中涉及到有關(guān)中央文件的處理辦法的通知》中規(guī)定，這些文件凡同新文件矛盾、抵觸的，一律以新文件為準(zhǔn)，相關(guān)規(guī)定自然失效，除少數(shù)特殊情況外，不再一一宣布撤銷。因此，這次清理未將“文革”期間的文件納入清理范圍。