但是，事情的發(fā)展并不按秦始皇的本來設(shè)想進行，這些博士和諸生都是舊時代的學(xué)者，滿腦子都是舊文化和復(fù)古思想，認為復(fù)古周禮的儒家思想都是好的。所以，他們不但對加強專制統(tǒng)治思想沒有幫助，反過來對秦始皇的所為指手劃腳，說三道四。而秦始皇恰恰是個蔑視儒家、推崇法家思想的人，他十分崇拜法家集大成者韓非的主張：“明主之國，無書簡之文，以法為教；無先王之語，以吏為師。”認為這才是富國強兵，超越三皇五帝的唯一妙法，所以對博士諸生的表現(xiàn)心有不滿。始皇三十四年（前213年），在咸陽宮的一次宴會上，博士淳于越提出廢郡縣，立分封，認為“事不師古而能長久者，非所聞也。”始皇命令群臣議論，丞相李斯謬其說，絀其詞，上書皇帝曰：過去天下散亂，沒有能統(tǒng)一之者，所以諸侯并起，“語皆道古而害今，飾虛言以亂實，人善其所私學(xué)，以非上所建立。今陛下并有天下，別黑白而定一尊；而私學(xué)乃相與非法教之制。聞令下，即各以其私學(xué)議之，入則心非，出則巷議，非主以為名，異趣以為高，率群下以造謗。

如此不禁，則主勢降乎上，黨與成乎下不便。”李斯這番利害析說，使始皇大為稱是，準(zhǔn)許了李斯提出的焚書的建議，即除去秦國的歷史書籍以外，其他史書及《詩》、《書》百家語之類全部燒毀的建議。除博士官掌管的圖書和農(nóng)書醫(yī)書及求神問卜之書外，各地所有一切藏書全部交到當(dāng)?shù)毓俑疅龤?。命令下達后30天之內(nèi)不燒者，判刑服勞役。下令今后如還有人敢于議論詩書，判死刑。以古非今者全族處死。官吏知道而不揭發(fā)者治以同罪。李斯的一個建議，就使秦帝國統(tǒng)治所及之處，到處點燃了焚書之火，不到30天，秦以前的古典文獻，盡皆化為灰燼，中國古代思想文化遭到了前所未有的摧殘。這就是歷史上有名的“焚書”事件。

在秦始皇采取愚蠢的焚書措施后僅1年，又發(fā)生了“坑儒”慘劇。秦始皇知道，書雖然焚了，但人的思想無法焚掉，在自己的政權(quán)機構(gòu)中，還有部分懷有復(fù)古思想的舊貴族掌管著文化事業(yè)，對這些人必須加以清除。但以什么為借口呢？

秦始皇是一個具有數(shù)重性格的人，即有他披掛上陣，統(tǒng)率千軍萬馬吞滅六國的雄勇氣概，又有其迷信神仙，貪生怕死的怯弱心理。當(dāng)他統(tǒng)一中國成為歷史上第一位皇帝開始，他就迷上了神仙方術(shù)，重用方士，煉丹求藥，不惜耗費巨額錢財，派人去遠海深山尋求長生不死之藥。秦始皇三十五年（前212年），有兩個替他尋求長生不老仙藥的方士侯生和盧生，明知仙藥根本就是沒有的，他們無非是為詐取富貴而已。

時間已久，怕騙局終歸敗露，乃相與謀曰：“始皇為人，天性剛戾自用，起諸侯，并天下，意得欲從，以為自古莫及己。專任獄吏，獄吏得親幸。博士雖七十人，特備員弗用。丞相諸大臣皆受成事，倚辦于上。上樂以刑殺為威，天下畏罪持祿，莫敢盡忠，……天下之事無大小皆決于上，……貪于權(quán)勢至如此，未可為求仙藥。于是乃亡去。”始皇聽了這一消息，龍顏大怒，指責(zé)方士“韓眾等去不報，徐巿等費以巨萬計，終不得藥，徒奸利以相告日聞。盧生等吾尊賜之甚厚，今乃誹謗我，以重吾不德也。諸生在咸陽者，吾使人廉問，或為妖言以亂黔首。”“于是使御史悉案問諸生，諸生轉(zhuǎn)相告引，乃自除犯禁者四百六十余人，皆坑之咸陽。”并告知天下，以懲戒后。這就是歷史上所謂的“坑儒”事件?？尤迨录⒉恢贿@一次，在此后又接連發(fā)生了第二次、第三次屠殺?！段墨I通考·學(xué)校考》云：始皇“又令冬種瓜麗山，實生，命博士諸生就視，為伏機，殺七百余人。秦二世時，又以陳勝起，召博士計生議，坐以非所宜言者，各數(shù)十人。然此秦之于博士弟子，非惟不能考察試用之，惟恐其不澌盡泯沒矣。”

秦始皇采取極其野蠻粗暴的方式“焚書”、“坑儒”，希望以此殘酷的手段達到思想上的高度統(tǒng)一，充分體現(xiàn)了封建地主階級專政的殘酷和皇帝掌握著至高無上的權(quán)力。焚書摧殘了自春秋戰(zhàn)國以來百家爭鳴所形成的文化繁榮局面，使祖國文化寶庫蒙受了災(zāi)難?？尤鍎t沉重地打擊了儒家學(xué)派及廣大知識分子，使法家學(xué)說完全官學(xué)化。而秦王朝就是因為獨行法家嚴酷理論才導(dǎo)致速亡的。