1917年，7月1日，張勛擁清室復(fù)辟，3日，孫中山便在上海召集在滬陸海軍及國民黨要人討論擁護(hù)共和、出師討逆大計(jì)。決定在南方另行召集國會(huì)，組織臨時(shí)政府。4日，孫中山致電參眾兩院議員，號(hào)召議員南下護(hù)法。當(dāng)時(shí)以陸榮廷為首的桂系軍閥為借助護(hù)法聲浪，確保兩廣地盤，歡迎孫中山來粵護(hù)法。7月6日，孫中山與章太炎、朱執(zhí)信、廖仲愷等，離滬南下廣州。孫中山南下護(hù)法后，當(dāng)時(shí)滇系軍閥頭目唐繼堯也為對(duì)抗段祺瑞，通電加入護(hù)法行列。

段祺瑞打敗張勛重新掌握政權(quán)后，拒絕恢復(fù)約法和國會(huì)，準(zhǔn)備另行召集“臨時(shí)參議院”，重新制定國會(huì)組織法和選舉法，選舉新國會(huì)。這引起舊國會(huì)議員的不滿，他們響應(yīng)孫中山的號(hào)召，紛紛南下赴粵。

至8月中旬，到達(dá)廣州的國會(huì)議員已達(dá)150余人。孫中山等考慮到來粵議員不足法定人數(shù)，決定召開“國會(huì)非常會(huì)議”。25日非常國會(huì)開幕，31日通過《中華民國軍政府組織大綱》，組織中華民國軍政府。9月1日非常國會(huì)選舉孫中山為海陸軍大元帥，陸榮廷和唐繼堯?yàn)樵獛洝?0日，孫中山宣誓就職。

軍政府的成立，標(biāo)志著護(hù)法運(yùn)動(dòng)高潮的到來，也標(biāo)志著南北對(duì)峙局面的形成。段祺瑞決心武力統(tǒng)一中國，鎮(zhèn)壓西南護(hù)法，挑起第二次南北戰(zhàn)爭(zhēng)。10月3日孫中山下令討伐段祺瑞?；?、桂、湘三省護(hù)法軍的目標(biāo)是會(huì)攻長(zhǎng)沙。20日護(hù)法軍輕取長(zhǎng)沙，桂系控制了湖南。與此同時(shí)，唐繼堯?yàn)槭椎牡嵯?，也組成滇、黔聯(lián)軍，于12月3日攻占重慶。在其它各省，護(hù)法武裝也相繼而起，紛紛宣布與西南各省一致行動(dòng)。

桂、滇兩系軍閥不僅在護(hù)法戰(zhàn)爭(zhēng)中勾結(jié)直系罷兵議和，破壞孫中山護(hù)法宗旨，而且排斥孫中山，企圖攘奪護(hù)法運(yùn)動(dòng)的領(lǐng)導(dǎo)權(quán)。1918年1月，由桂系軍閥發(fā)起，成立護(hù)法各省聯(lián)合會(huì)議，試圖成為與軍政府抗衡的另一政權(quán)機(jī)關(guān)。2月，又由國民黨穩(wěn)健派人士出面，正式提出改組軍政府的主張，并擬定《中華民國軍政府組織大綱修正案》，其用意在于改大元帥單獨(dú)首領(lǐng)制為若干總裁合議制，以排擠孫中山。5月4日，非常國會(huì)竟強(qiáng)行通過了《修正軍政府組織法案》。當(dāng)日孫中山即向非常國會(huì)提出辭呈，并發(fā)表大元帥辭職通電。20日非常國會(huì)選舉唐紹儀、唐繼堯、孫中山、伍廷芳、林葆懌、陸榮廷、岑春煊七人為政務(wù)總裁，以岑春煊為主席總裁。改組后的軍政府完全由桂、滇軍閥所控制，護(hù)法成為空名。孫中山看透了西南實(shí)力派名為護(hù)法、實(shí)為爭(zhēng)奪地盤的面目，認(rèn)識(shí)到依靠軍閥不可能達(dá)到護(hù)法救國的目的，遂于次日離開廣州，前往上海。護(hù)法運(yùn)動(dòng)宣告失敗?！?/p>