陳云一貫堅持實事求是的思想原則，主張秉筆直書，根據當時的客觀環(huán)境去分析、判斷和評價黨史人物的功過是非。粉碎“四人幫”以來，陳云在不同場合對周恩來、劉少奇、李先念、薄一波等黨的領導人的杰出貢獻做過符合實際的評價，對林彪、“四人幫”、康生等黨史上的反面人物也作出了準確的評判。

為劉少奇等一系列冤假錯案平反

早在中紀委成立前，陳云就提出：一定要堅持“有錯必糾”的方針，解決“文革”中的問題和歷史上的遺留問題。中紀委成立后，陳云親自領導解決了新中國成立后第一大冤案——劉少奇冤案的平反工作，并對劉少奇的功績做了公正的評價。1978年12月，陳云在家中親切會見王光美及其子女。陳云明確指出，劉少奇的冤案，不是一個人的事情，“是黨和國家的事情。他的這個案子是要平反的”。

陳云積極催促有關部門復查劉少奇案件，1979年2月23日，陳云批示：“中央辦公廳應正式通知中組部、中紀委合作查清劉少奇一案。”1979年3月6日，他在會見外賓時說：“專案材料說劉少奇1929年在沈陽擔任滿洲省委書記時被捕后，組織被破壞，供出一些人，沒有那么回事，不是事實。”“劉少奇出來后，還向中央作過報告，黨組織并沒有被破壞。”

在陳云的積極推動下，中紀委與中組部共同成立了劉少奇案件復查組，對劉少奇一案進行了認真細致的復查。經過一年時間，逐項調查核實和駁斥了原來扣在劉少奇頭上的“叛徒”“內奸”“工賊”等罪名，向中央作出了實事求是的復查報告。據此，中共十一屆五中全會決定：撤銷八屆十二中全會作出的決議，為劉少奇徹底平反昭雪，恢復名譽，同時對受牽連的人和事，凡屬冤假錯案的一律平反。

除劉少奇外，陳云還實事求是地評價了陶鑄、王鶴壽、彭德懷、薄一波等同志為黨的事業(yè)作出的貢獻，使一批黨的優(yōu)秀干部得以平反。

在1978年11月中共中央召開的工作會議上，陳云作了一個有重要歷史意義的發(fā)言，他在會議東北組的發(fā)言中首先提出了“文革”中制造的所謂薄一波等61人叛徒集團一案，他實事求是地證明：“他們出反省院是黨組織和中央決定的，不是叛徒。1937年7月7日中央組織部關于所謂自首分子的決定這個文件，是我在延安任中央組織部長以前作出的，與處理薄一波同志等問題的精神是一致的。……在1941年也寫過一個關于從反省院出來履行過出獄手續(xù)，但繼續(xù)干革命的那些同志，經過審查可給以恢復黨籍的決定。這個決定與‘七七決定’精神是一致的。這個決定也是中央批準的。”他明確主張：對于那些在“文化大革命”中被錯誤定為叛徒的同志應給以復查，如果并未發(fā)現(xiàn)有新的真憑實據的叛黨行為，應該恢復他們的黨籍?？谷諔?zhàn)爭時期和解放戰(zhàn)爭時期當時由黨組織決定在敵偽政權中任職，掩護我黨我軍的工作，這些黨員在“文化大革命”中被定為叛徒的，也應復查，對并無背叛行為的同志應恢復黨籍。

陳云還對“文革”中和“文革”前遭受冤屈的黨和軍隊的卓越領導人瞿秋白、張聞天、蕭勁光等做出過正確客觀的評價，幫助他們平反昭雪。對于瞿秋白在獄中寫了《多余的話》，陳云認為，看人要看主流，看全面，他無非就是寫了個《多余的話》，有消極的東西，但臨死前還高喊口號“共產主義萬歲”“共產黨萬歲”。在八七會議上，他是反對陳獨秀的，他的“左”傾錯誤路線時間不過半年。在張聞天夫人劉英要求給張聞天做政治結論的信上，陳云批示“完全應該”，并親自主持了張聞天的追悼會。對加在蕭勁光頭上的不實之詞，陳云曾致信鄧小平：“蕭勁光平反不要留尾巴。”“蕭勁光是受‘四人幫’迫害的。”他還親自給蕭勁光文集提寫了“一代元戎”的書名，反映了他對蕭勁光歷史功績的充分肯定。