從大禮議開始，嘉靖、隆慶兩朝的各派官僚即一直為爭奪內(nèi)閣首輔權(quán)位，而互相攻訐排擠，紛爭不已，但其時尚無固定門戶。萬歷時期，由于神宗長期怠荒，對朝臣政爭多數(shù)時間又放任自流，因此各級官僚為維護(hù)自身利益，紛紛拉幫結(jié)派，彼此傾軋，爭權(quán)奪利。

朝廷內(nèi)外，黨派林立。有以內(nèi)閣輔臣沈一貫、方從哲為首的浙黨，給事中亓（ｑǐ）詩教為首的齊黨，給事中官應(yīng)震為首的楚黨，宣城人湯賓尹為首的宣黨，昆山人顧六峻為首的昆黨以及東林黨。

東林黨之得名緣于顧憲成。明神宗的皇后無子，王恭妃于萬歷十年（１５８２年）生下朱常洛，鄭貴妃于萬歷十四年生下朱常詢。神宗寵愛鄭貴妃，想立朱常詢作太子。許多大臣為維護(hù) 有嫡立嫡，元嫡立長 的封建繼承制度，要求立長子朱常洛為太子。于是，朝廷上爆發(fā)了 國本 之爭。在 爭國本 的過程中，吏部文選郎中顧憲成因力主冊立朱常洛，引起了神宗的不滿。接著又在萬歷二十二年廷推時，推舉因擁立朱常洛為太子而被免職的前首輔王家屏，再次觸怒了神宗，因而被罷官閑住。回到故鄉(xiāng)無錫后，顧憲成與好友高攀龍、錢一本、顧允成、安希范等人開始了講學(xué)活動。萬歷三十二年，在常州知府的支持下，重新修復(fù)了無錫城東的東林書院，在里面定期講學(xué)，每年一大會，每月一小會。講習(xí)之余，他們往往 裁量人物，訾議國政 ，①抨擊當(dāng)權(quán)派。 當(dāng)是時，士大夫抱道忤時者，率退林野，聞風(fēng)響附。 一些在朝官員也 遙相應(yīng)合 ②。反對派因而稱之為東林黨。

東林黨外，浙、齊、楚、宣、昆各黨都是以地緣關(guān)系攀結(jié)而成，其中浙黨勢大，齊、楚等黨依附于它， 務(wù)以攻東林排異己為事.統(tǒng)稱為邪黨。

黨爭的尖銳化是從癸巳京察開始的。明代考察官吏之制分京察和外察。

主持其事者是吏部尚書、都察院都御史、吏部考功司郎中和河南道御史。京察考核京官，六年一次，每逢巳、亥年進(jìn)行。外察考核地方官吏，三年一次，乘地方官進(jìn)京朝覲之機進(jìn)行。在考察中，要根據(jù)官員的政績品行，分別予以升遷、降調(diào)或罷免、致仕等獎懲。由于考察要最終決定升遷，故各派官僚均將其視為打擊對手、扶植同黨的主要機會，京察中尤其如此。萬歷二十一年的京察即爭斗的異常激烈，由于是年論干支為癸巳，史稱 癸巳京察.主持癸巳京察的是吏部尚書左都御史李世達(dá)和考功司郎中趙南星。考察中，他們嚴(yán)格執(zhí)法，不徇私情。孫的外甥兵部員外郎呂胤昌，趙南星的親家都給事中王三余因考察不合格，首先被罷免。接著包括內(nèi)閣大學(xué)士趙志皋的弟弟趙志俶在內(nèi)的一批庸官貪吏被或降低或罷黜。 一時公論所不予者貶黜殆盡……，由是執(zhí)政者皆不悅。 當(dāng)時大學(xué)士王錫爵剛剛還朝任首輔， 欲有庇，比至而察疏已上.故王錫爵 亦不能無憾.于是王錫爵一面上疏神宗指責(zé)這次京察 抑揚太過 ，一面授意刑部科給事中劉道隆奏劾孫等人升貶不公。神宗得奏，不辨是非， 乃下嚴(yán)旨責(zé)部臣專權(quán)結(jié)黨 。把趙南星貶官三級，停止孫祿俸。左都御史李世達(dá)、禮部郎中于孔兼、員外郎陳泰來等交章為趙南星訟冤，神宗怒，將趙南星革職為民，于孔兼、陳泰來降調(diào)。孫見事不可為，遂告老還鄉(xiāng)。

癸巳京察對萬歷政局影響很大。不僅門戶之禍堅固而不可撥，自此始也 ，而且先例既開，使 京察 成為各黨用來打擊對手的經(jīng)常性手段，京察便失去了其固有的甄優(yōu)汰劣作用。如萬歷三十年京察（乙巳京察）由東林黨人吏部侍郎楊時喬和都御史溫純主持，二人 力鋤 沈一貫的心腹，浙黨給事中錢夢皋、鐘兆斗及御史張似渠、于永清等都被貶謫。沈一貫非常惱怒，在他的煽動下，明神宗指責(zé)楊時喬、溫純等徇私，并扣住京察的奏疏不發(fā)。

萬歷三十九年（１６１１年）京察（辛亥京察），主持其事者為吏部尚書孫丕揚，侍郎蕭云舉及副都御史許弘綱、考功郎中王宗賢、吏科都給事中曹于汴、河南道御史湯兆京等，大部分為東林黨人，故北京京察中齊、楚、浙、宣、昆諸黨多遭驅(qū)逐。而南京京察為齊、楚、浙黨主持，故東林黨人又大受排斥。

萬歷四十五年京察（丁巳京察），由楚黨吏部尚書鄭繼之、給事中徐紹吉、御史韓浚和浙黨刑部尚書李鋕、考功郎中趙土諤主持。為報復(fù)辛亥京察，鄭繼之等對凡抗論國本、系籍正人者，莫不巧加羅織 。東林黨人被逐一空。

黨爭涉及的問題很多，其焦點除京察之外，尚有三案 ，即梃擊案、紅丸案、移宮案。

萬歷四十三年（１６１５年）五月四日，有個叫張差的男子，持棍闖進(jìn)慈慶宮欲謀害太子朱常洛。巡視皇城御史劉廷元乃浙黨成員，他審問后奏稱張差是瘋子。刑部提審主事王之寀是東林黨人，他又仔細(xì)審問，查出張差系受人指使，從薊州來到京城，被一太監(jiān)帶進(jìn)宮中作案，因而揭發(fā)其 不癲不狂，有心有膽。后又經(jīng)過十三司會審，審出指使張差行兇的人為鄭貴妃宮中太監(jiān)龐保、劉成。至此，真相大白，朝議紛紜，明神宗怕進(jìn)一步追查牽涉到鄭貴妃，便力主瘋癲說，下令將張差桀死，龐保，劉成斃于內(nèi)廷，暫時平息了這場風(fēng)波。史稱 梃擊案.萬歷四十八年（１６２０年）七月，神宗病死，太子朱常洛繼位，是為光宗。

因身體羸弱，縱欲過度，光宗患病。鄭貴妃指使內(nèi)醫(yī)太監(jiān)崔文升入診，開了一服瀉藥。光宗服后，瀉泄不止，一天竟至三四十次。鴻臚寺丞李可灼又進(jìn) 紅丸 ，光宗連服二粒一命嗚呼，僅在位２９天。光宗之死，廷臣大嘩，均歸咎于李可灼和首輔方從哲，紛紛上疏，指責(zé)李可灼進(jìn)藥不效，應(yīng)立席侍罪，彈劾方從哲輕薦狂醫(yī)，有十大罪，三可殺。方從哲被逼無奈，只好將李可灼罰一年，自己辭官而去。此后關(guān)于朱常洛致死原因，東林黨和邪黨進(jìn)行長期的爭論。此即為紅丸案。

光宗死后，其１６歲的長子朱由校繼位，是為熹宗。李選侍在朱常洛生前極受寵愛。光宗即位時，她與太子朱由校一起入居乾清宮。光宗死后，她便控制了乾清宮，并與心腹太監(jiān)李進(jìn)忠密謀，阻止朱由校與廷臣見面，企圖挾皇長子自重。東林黨人大學(xué)士劉一燝、給事中楊漣等首先和司禮太監(jiān)王安共同設(shè)計從乾清宮騙出朱由校，擁住慈寧宮。隨后便以李選侍占住乾清宮為違制為由，多次上疏力促李選侍移宮，皇太子朱由校也明確表示支持，李選侍無奈，只好怏怏搬出乾清宮，改居仁壽殿。她頭天走，群臣第二天就正式擁立朱由校即帝位，是為熹宗。移宮后，御史賈春旺上疏指責(zé)力促移宮的東林黨人， 謂不當(dāng)于新君御極之初，首勸主上以違忤先帝，逼逐庶母，表里交抅，羅織不休，俾先帝玉體未寒，遂不能保其姬女。 于是兩派官員便圍繞著移宮的是非展開了爭吵。直到熹宗出面干涉，爭論才暫時停息。此即為移宮案.

移宮案后，東林黨人因擁戴有功，勢力重新崛起，內(nèi)閣吏部、兵部、都察院等重要部門均由東林黨人主持。東林黨人一向比較關(guān)注社會問題，看到 民不聊生，大亂將作 的現(xiàn)實，他們反對神宗及大地主集團侵占田土，反對礦監(jiān)稅使四處掠奪，要求改革弊政，加強君主集權(quán)，因而獲得了良好的聲譽。所以天啟初年東林黨人上臺執(zhí)政后，一時 天下欣欣望治.他們也曾積極整肅吏治，規(guī)劃遼東戰(zhàn)事，但由于其仍將大部分精力傾注于論 三案 是非，排除異己，打擊宿敵，因而政治改良收效甚微。及至魏忠賢集團崛起，東林黨人遂遭滅頂之災(zāi)。