1915年，馬駿考入天津南開學(xué)校。天津南開學(xué)校是一所由嚴修創(chuàng)辦、張伯苓任校長的著名學(xué)校。在這所學(xué)校，學(xué)生可以自由成立一些團體，開展一些進步的文體活動。在一次演講比賽中，馬駿與高他兩級的周恩來同臺演講。由于理想相近、志趣相投，他們成為學(xué)生骨干并結(jié)為摯友，兩人經(jīng)常在?？贤陡?，寫了一些滿懷愛國激情的進步文章。

1915年正值第一次世界大戰(zhàn)期間，中日雙方都是參加協(xié)約國的戰(zhàn)勝國方，但是日本在山東打敗了德國以后竟取而代之占領(lǐng)了青島，取得了德國在山東的特權(quán)，并于當(dāng)年1月開始和袁世凱的北洋政府進行會談，直到5月向袁世凱發(fā)出最后通牒，要求簽署“二十一條”，暴露了企圖強占中國的狼子野心。“二十一條”的簽訂引起了海內(nèi)外華人的強烈不滿和抗議，中國人民開始了抵制日貨、反對“二十一條”的斗爭。

1917年，周恩來畢業(yè)后到日本留學(xué)，馬駿始終和周恩來以及一些學(xué)長們保持著密切的聯(lián)系。國內(nèi)爆發(fā)五四運動后，馬駿成為天津愛國斗爭的領(lǐng)導(dǎo)人，始終站在最前列，具有高度愛國思想，富有正義感，為人正直、性格豪爽、工作干練、認真負責(zé)，積極參加實際斗爭，不怕反動統(tǒng)治者的迫害，表現(xiàn)出高度的愛國熱情和英勇精神。

第一次世界大戰(zhàn)于1918年11月11日結(jié)束，參戰(zhàn)國在法國巴黎召開和會，簽訂了《凡爾賽和約》。中國北洋政府派出了5人代表團，向大會提出了要廢除“二十一條”、收回青島主權(quán)的訴求，但遭到了會議的拒絕。這一消息在海內(nèi)外引起了強烈反響，點燃了以北大學(xué)生為代表的抵制“二十一條”的怒火。

天津的學(xué)生們知道消息后迅速響應(yīng)，很快成立了天津?qū)W生聯(lián)合會，馬駿被推選為副會長兼執(zhí)行部長。馬駿把國內(nèi)發(fā)生五四運動的消息，傳信告知在日本留學(xué)的周恩來等學(xué)長，在這些留學(xué)生中也引起了強烈反響。周恩來知道消息后毅然決然返回祖國，參加反帝反封建的五四運動。他回到天津以后，住進了馬駿的宿舍，被天津?qū)W生聯(lián)合會聘為會報主編。同時，周恩來和馬駿積極備考，同時考上了天津南開大學(xué)。

1919年是中華民族歷史的一個新開端，同時也是一個非常動蕩、反帝反封建斗爭非常激烈的年代?？吹奖本?、天津的學(xué)生都成立了學(xué)生組織，而且經(jīng)常舉行各種演講和斗爭，宣揚廢除不平等條約、收回山東主權(quán)，北洋政府開始了鎮(zhèn)壓，在6月3日發(fā)動了“六三事件”，先后逮捕了北京800多名學(xué)生。天津?qū)W生知道這一消息后，立即聯(lián)合上海等地的學(xué)生向全國各地發(fā)出號外，聲援北京學(xué)生的斗爭。6月5日，天津?qū)W聯(lián)召集了15所在津高等、中等院校，在天津南開學(xué)校廣場上帶領(lǐng)學(xué)生舉行了一次集會。馬駿起草了六項宣言，如誓保國土、挽國權(quán)、雪國恥、除國賊等。天津?qū)W生聯(lián)合會會長諶志篤，還咬破手指寫下血書——“學(xué)生作事，純本天良，不為勢迫，不為利誘”。天津?qū)W聯(lián)聯(lián)合天津商界，在天津海河公園舉行大會，進行了罷市、罷課的聯(lián)合。6月9日開始罷市，北洋政府10日就坐不住了，決定要釋放被捕學(xué)生，當(dāng)天晚上派出參議員趕到天津總商會，要求立即復(fù)市。聽到這一消息后，馬駿帶著學(xué)聯(lián)會的學(xué)生趕到了天津總商會，看到總商會正準備起草恢復(fù)停止罷市、恢復(fù)營業(yè)的布告便據(jù)理力爭，闡述收回山東主權(quán)的總要求。甚至在商會董事陳說罷市損失時，馬駿頭撞總商會議事廳立柱，血濺商會，表達了學(xué)生的愛國真情。商會董事們對此感到非常震驚，最終決定通電北洋政府繼續(xù)罷市。馬駿的壯舉被報紙報道，引發(fā)了全國各地的積極反響，推動了京津地區(qū)工商學(xué)界的愛國斗爭。此后，天津成立了各界愛國會，馬駿被選為執(zhí)行理事。

隨著京津地區(qū)愛國運動烈火的熊熊燃燒、蔓延全國，全國各地陸續(xù)成立學(xué)生聯(lián)合會，發(fā)動學(xué)生進行罷課、請愿、游行示威。在這場運動中，馬駿和劉清揚等天津?qū)W聯(lián)的十幾個學(xué)生作為代表會同北京學(xué)生，一同到新華門要求面見總統(tǒng)徐世昌，遞交請愿書，提出“總統(tǒng)一日不見、我們一日不散”。在這種情況下，馬駿和劉清揚等十幾個學(xué)生被推選為代表，在憲兵和軍警的押解下面見徐世昌、遞交請愿書。在海內(nèi)外華人的共同努力下，中國代表并未在《凡爾賽和約》上簽字，這是愛國運動取得的一次小小勝利。