在共產國際決定召開遠東勞動人民代表大會后，張?zhí)资荞R林委托，前往日本傳達上述指示。但馬林沒有將此事通知陳獨秀，張?zhí)滓驗榉鸟R林保密的命令，也沒有告知陳獨秀。陳獨秀知道后很是生氣。他認為馬林是胡作非為，張?zhí)资侵泄颤h員，雖然被派任馬林的翻譯，他的行動仍須遵守中共中央的命令，現在馬林不征求中共中央同意，擅自派遣他去日本，而且共產國際召開這樣重要的會議，事前也未和我們商量，簡直是藐視中共中央。他聲言決不與馬林再見面，并擬要求共產國際撤換馬林的代表職務。

  　  事后，馬林給出的解釋是派人到日本去聯絡是應當的，中共中央既然贊成大會的舉行，就應積極支持；至于派張?zhí)兹ト毡臼孪葲]有征求中共中央的同意，那只是手續(xù)問題。他覺得為了秘密和迅速的緣故，這樣做并沒有錯。這樣的解釋陳獨秀自然不會接受。

    　陳獨秀等因為《新青年》的事被捕后，是馬林使盡了力氣，為陳獨秀請了一名法國律師，承辦這個案子。馬林花了很多錢，費了很多力，打通了會審公堂的各個關節(jié)，才使得“最后以《新青年》雜志有過激言論判罰五千元而結案”。在馬林的積極營救下，陳獨秀等被釋放。

   　 經過這次事件，大家都意識到團結的重要性，也意識到在當時的情況下獲得共產國際的幫助是很重要的。馬林與陳獨秀和中國共產黨算是共了一次患難。此后，陳獨秀與馬林和諧地談了兩次，一切問題都得到了適當的解決。

    　與張國燾：勢同水火

   　 馬林給人的第一印象是“很驕傲，很難說話”。最初抵達上海時，馬林是與李達、李漢俊聯系的，但是他們第一次見面就談得不大投機。見面時，馬林就說自己是共產國際的代表，并毫不客氣地向李達要工作報告。李達當即表示拒絕，理由是組織還在萌芽時期，沒有什么可報告的。“馬林又向他要工作計劃和預算，表示共產國際將予經濟的支持?！崩钸_覺得馬林的話更難以接受了，因此直率地表示中國共產黨還沒有成立，是否加入共產國際還沒有決定；即使中共成立之后而加入了共產國際，它將來與共產國際所派的代表間的關系究竟如何也還得研究，現在根本說不上工作報告和預算，等等。李達說：“如果共產國際支持我們，我們愿意接受；但須由我們按工作實際情形去自由支配。”張國燾回憶，馬林的談吐往往過分形容亞洲人民的落后，有時談到東方社會主義者的幼稚可笑,使人覺得他沾染了一些荷蘭人在東印度做殖民地主人的習氣。他是共產國際東方問題的權威并以此自傲，有時還提到他曾和列寧在共產國際第二次大會上共同制訂殖民地問題決議案的事。所有這些表現，是他自居解放者的表現，在別人看來，就覺得他具有社會主義的白人優(yōu)越感。

   　 當然，不可否認當事人的回憶錄中會帶有個人的感情色彩。從馬林的經歷上看，他在荷蘭的殖民地印尼爪哇工作時，十分同情殖民地的人民，他甚至組織了社會民主聯盟（印尼共產黨的前身）反對自己的祖國，并最終導致他在1918年12月被殖民當局逐出了印尼。這可以充分證明馬林并非如張國燾所言是蔑視殖民地人民的。張國燾也親眼目睹馬林“在上海路遇一個外國人欺侮中國苦力，他竟挺身出來與那個外國人大打出手”。

   　 中共一大后，馬林游歷了中國南方，并拜會了孫中山和當時在廣東的陳炯明。此行結束后，馬林認為中國革命要取得成功，就必須組織聯合戰(zhàn)線，共產黨必須聯合國民黨。馬林的建議是正確的，但是他再一次犯了老毛病，這就是羅章龍說的“馬林對中國革命視同自己的事，遇事率直倡議，不稍瞻顧”。

    　在實現國共合作的討論中，雙方的矛盾終于激化。當時，中國同志對國民黨并無太多好感，對于馬林提出的中共黨員加入國民黨的方案，幾乎全黨同志都表示反對。張國燾說，“馬林無法獲得我的諒解，便使用壓力。他堅持他的解釋即是共產國際的訓令的意愿；追問我是否準備違反這個訓令”。在爭論時，馬林“怒形于色，幾乎要和我決斗”。參加了三大的羅章龍回憶說：“國共合作，起初阻力很大”，中共三大時“這個問題（指國共黨內合作問題）在報告和決議案準備小組會上討論費時較多”。陳獨秀也說馬林“提出中國共產黨是否服從國際決議之言，于是中共中央為尊重國際紀律遂不得不接受國際提議，承認加入國民黨”。馬林在向共產國際的報告中對此有所隱瞞，他說“以個人身份加入國民黨組織，這個問題沒有遇到激烈反對”；“在我們黨內，關于加入孫逸仙黨的決定幾乎沒有遭到任何反對而被通過”。但是后來他還是承認了當時“我們的同志不贊成這個意見”，“反對最強烈的是張國燾”。可見，最后馬林確是利用自己共產國際代表的身份壓制了中共的反對意見的。