近１１０萬字的《南京大屠殺全史》由南京大學出版社出版。該書是張憲文等歷史學者１０多年間訪問英、美、法、德、意、俄、日等國家研究撰寫的，用大量日方和第三方資料，對日軍在南京的屠殺暴行、性暴行、城市破壞及劫掠暴行，進行了全方位研究。

該書主編、南京大學中華民國史研究中心主任張憲文說，面對戰(zhàn)后南京大屠殺史料散落在海內外各地的狀況，南京大學學者聯(lián)合海內外學者，２０００年起共同開展了編纂《南京大屠殺史料集》學術工程，多次赴日本、美國、英國、德國、法國、意大利、西班牙、俄羅斯以及中國內地、臺灣等地的檔案館、圖書館和有關機構挖掘史料。截至２０１０年底，《史料集》共出版７２卷，約４０００萬字。

張憲文說，早在《史料集》編纂過程中，課題組即開始草擬《全史》的寫作提綱，一方面以“戰(zhàn)前南京－日軍轟炸下的南京－南京保衛(wèi)戰(zhàn)—日軍占領南京—大屠殺發(fā)生—屠殺之后南京的毀滅—南京審判—東京審判”為時間線索，另一方面，以“殺戮—性暴力—搶劫縱火和日方反應—中方反應—第三方的反應”為橫切面，兩條線索交錯展現(xiàn)大屠殺的全貌，同時吸收了中國抗日戰(zhàn)爭史學會會長步平、劍橋大學教授方德萬、日本都留文科大學名譽教授笠原十九司、美國麥卡萊斯特學院教授譚汝謙等學者的意見。

張憲文說，《全史》從日方資料入手，用日方自己的資料，如松井石根日記、岡村寧次日記、中島今朝吾日記、陸軍省軍務局檔案等建立南京大屠殺史的基本史實，給日本右翼響亮的耳光；并全面使用了美、德等第三方資料，這些西方國家和前蘇聯(lián)當時處于中立地位，他們對事件的觀察和記錄，日本右翼雖欲反駁狡賴而實際上不能得逞。

該書厘清了日軍進行屠殺的規(guī)模、地點、方式；分析了日軍進行屠殺的意圖、動機和具體原因；厘清了日軍性暴力的規(guī)模、方式和目的，指出了日軍性暴力造成的死亡、意外懷孕等后果，分析了其對南京婦女的身心傷害；同時分析了大屠殺對南京城市發(fā)展的影響，統(tǒng)計了大屠殺造成的財產經濟損失，闡述了屠殺造成的南京城市現(xiàn)代化進程中斷。